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表观遗传学的常用技术和研究策略都有哪些?

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宋亚丹 初级会员 用户来自于: 上海市
2023-05-21 14:01

hMeDIP-seq: 羟甲基化DNA免疫共沉淀测序,用5hmC抗体将羟甲基化的DNA片段拉下来,进行测序。除了一般fastqc质控,trimGalore质控,bowtie2比对,它还多了一步macs2找富集峰,也进行组间差异peak的寻找以及peak在基因上的注释(启动子区,内含子,外显子,utr等),可结合转录组测序,做表观遗传对基因表达的调控研究。

ace-seq单碱基分辨率的DNA羟甲基化测序,可以在胞嘧啶水平检测其羟甲基化水平。可以比较研究cg, chg, chh的分布差异,正链负链特异性,标志物,结合甲基化、转录组等其他组学联合分析。

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发布时间
2023-05-17 09:47
更新时间
2023-05-21 14:01
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