我在运行HyplotypeCaller的时候遇到过类似的问题，当时的问题在于： [b]bam文件中没有加样本信息[/b]   如果是DNA的测序分析数据，在使用bwa进行比对的时候可以直接用-R参数来添加这些信息 软件中的说明如下：[code]-R STRComplete read group header line. ’\t’ can be used in STR and will be converted to a TAB in the output SAM. The read group ID will be attached to every read in the output. An example is ’@RG\tID:foo\tSM:bar’. [null] 中文解释： -R STR 完整的read group的头部，可以用 '\t' 作为分隔符， 在输出的SAM文件中被解释为制表符TAB. read group 的ID，会被添加到输出文件的每一个read的头部。[/code]   使用方法举例：[code]bwa mem -t 4 -M -R "\@RG\tID:{library}\tLB:{library}\tPL:Illumina\tPU:{sample}\tSM:{sample}\" ref.fa read1.fastq read2.fastq > mem-pe.sam 2> ./mem-pe.log[/code]   如果是RNA比对的数据，或者是使用bwa比对时候忘了添加头部文件的数据，可以使用gatk中的AddOrReplaceReadGroups来添加对应信息，具体使用方法参考[url]https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/4.0.0.0/picard_sam_AddOrReplaceReadGroups.php[/url]   加了头文件再试试看看能不能运行。     参考内容： 1. BWA 命令详解   http://starsyi.github.io/2016/05/24/BWA-%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%AF%A6%E8%A7%A3/