这两张图，第1张就是个散点图，直接在R里面用plot就可以画。虚线是用abline函数添加的。   比如你的两个case的表达量分别是case_A，case_B 这里我用模拟数据代替： [code]case_A = abs(rnorm(1000,mean = 30,sd = 2)) case_B = abs(rnorm(1000,mean = 20,sd = 5)) plot(x=case_A,y=case_B,pch=19,col="blue",xlim=c(10,40),ylim=c(10,40)) abline(a=0,b=1,lty=3,lwd=3,col="gray") abline(a=2,b=1,lty=3,lwd=3,col="gray") abline(a=-2,b=1,lty=3,lwd=3,col="gray")[/code] [attach]255[/attach]     第2张图是1个小热图，颜色表示点的密度，用ggplot2画很容易。 [code]library(ggplot2) library(RColorBrewer) # make color list color_list.fun = colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu"))) color_breaks = seq(0,50,length.out = 11) # make simulation data case_A = abs(rnorm(10000,mean = 30,sd = 2)) case_B = case_A + rnorm(10000,mean = 5,sd = 2) test_data = data.frame(case_A,case_B) # plot ggplot(data =test_data,aes(x=case_A,y=case_B)) + geom_hex(bins=100) + scale_fill_gradientn(limits=c(0,20), breaks=color_breaks, colours=color_list.fun(length(color_breaks))) + geom_smooth(method = "lm",color="black",se=FALSE)[/code] [attach]256[/attach]