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通过富集得到了一些信号通路,我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的,如何实现呢?

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ChongWu 注册会员 用户来自于: 广东省广州市
2018-09-21 14:41
生信新手小白回答,供参考:   在做GSEA的时候,可以选择用MSigDB([url=http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/collections.jsp#C6)里的C4-CM]http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/collections.jsp#C6[/url])里的C4: computational gene sets-CM: cancer modules和C6: oncogenic signatures 这些gene set collections进行富集分析,这些gene sets都是与癌症相关的。    
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