作为生物学家或生物信息学家，我了解你在分析转录组数据时遇到的问题。当样本聚类结果不理想时，可能存在一些潜在的问题导致样本没有按照预期的分组聚在一起。
首先，我们需要检查实验设计和样本处理是否正确。确保样本的分组标签与实际处理相对应，以排除实验操作上的错误。
其次，我们需要考虑数据质量。转录组数据分析中常用的质控方法包括评估测序质量、去除低质量的读取和去除可能的批次效应等。确保数据质量良好是进行后续分析的基础。
如果实验设计和数据质量都没有问题，那么我们可以尝试使用其他聚类算法或降维方法来重新进行聚类分析。常用的聚类算法包括层次聚类、K-means聚类和谱聚类等，而降维方法如主成分分析（PCA）和t-SNE等可以帮助我们在较低维度下观察样本的分布。这些方法的选择应基于具体数据的特点和分析目的。
最后，即使样本聚类结果不理想，仍然可以进行差异表达分析。差异表达分析可以帮助我们找到不同基因在不同条件下的表达差异，而不依赖于样本的聚类结果。差异表达分析的结果可以提供有关基因功能和调控网络的重要信息。
综上所述，如果实验设计和数据质量无明显问题，我们可以尝试不同的聚类算法或降维方法来重新进行聚类分析。同时，即使样本聚类结果不理想，仍然可以进行差异表达分析以获取有关基因调控的信息。
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