TWAS联合PWAS做 conditional analysis

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数据处理

conditional analysis 分析

Rscript /dcs04/nilanjan/data/jzhang2/pwas/PWAS_tutorial/scripts/PWAS.conditional_CI.R \
--PWAS /dcs04/nilanjan/data/jzhang2/pwas/PWAS_tutorial/Results/Gout/PWAS_CI_hg19.out \
--TWAS /dcs04/nilanjan/data/jzhang2/pwas/PWAS_tutorial/Results/Gout/TWAS_CI_v7.out/ \
--tissue_list /dcs04/nilanjan/data/jzhang2/pwas/PWAS_tutorial/GTEx_V7_tissue_list.txt \
--tissue_n_gene /dcs04/nilanjan/data/jzhang2/pwas/PWAS_tutorial/GTEx_V7_n_gene.rds \
--imputed_P /dcs04/nilanjan/data/jzhang2/pwas/PWAS_tutorial/1000G_imputed_EA/1000G_imputed_Plasma_Protein.txt \
--imputed_T /dcs04/nilanjan/data/jzhang2/pwas/PWAS_tutorial/1000G_imputed_EA/1000G_imputed_FUSION_v7/ \
--out /dcs04/nilanjan/data/jzhang2/pwas/PWAS_tutorial/Results/Gout/ConditionalAnalysis_CI_v7/

报错Error in pred_mat[, 2] <- pred_ge[[tmp]] :
被替换的项目不是替换值长度的倍数
停止执行，是为什么，conditional analysis要求数据有什么特别格式吗

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-11-09 16:13

在进行TWAS联合PWAS的conditional analysis时，报错"Error in pred_mat[, 2] <- pred_ge[[tmp]]: 被替换的项目不是替换值长度的倍数停止执行"是因为数据格式不符合要求。在conditional analysis中，数据需要满足特定的格式要求。具体来说，pred_mat是一个二维矩阵，其中每一列代表一个基因的表达量，每一行代表一个样本。pred_ge是一个列表，其中每个元素是一个基因的表达量预测。在这个错误中，出现了被替换的项目不是替换值长度的倍数的情况，这意味着预测值的长度与要替换的位置不匹配。为了解决这个问题，你可以检查输入数据的维度和格式是否正确。确保pred_mat和pred_ge的维度一致，并且每个基因的表达量预测值与相应的样本数量一致。另外，还要确保输入的文件路径和文件名正确，以及数据中不含有缺失值或异常值。

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发布时间: 2023-11-09 16:03

更新时间: 2023-11-09 16:13

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