fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置

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fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置

我造sfs文件的vcf有370百万个位点。在使用fastsimcoal进行群体历史动态模拟时的使用bootstrap寻找置信区间的时候"<template_generic_name>_maxL.par",文件里的
//Number of independent loci [chromosome] 的Number of independent loci“应该写多少
//per Block:data type, number of loci, per generation recombination and mutation rates and optional parameters 的“number of loci ”应该填写多少呢

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-09-27 10:58

在fastsimcoal中，maxL.par文件用于指定模拟参数，包括群体大小、迁移率、突变率等。当使用bootstrap方法进行置信区间估计时，可以通过设置maxL.par文件中的参数来控制每个bootstrap重复中使用的独立位点数。在给定的情况下，你的vcf文件中有370百万个位点，因此需要确定在每个bootstrap重复中使用多少个独立位点。通常，独立位点的数量应该远小于总位点数，以确保模拟结果的高效性和准确性。一个常见的经验法则是使用总位点数的10%至20%作为每个bootstrap重复中的独立位点数。因此，在这种情况下，可以设置maxL.par文件中的"number of loci"参数为37万至74万之间的值。请注意，这只是一个经验法则，实际上，选择独立位点的数量可能需要基于具体的研究问题、计算资源和模拟结果的质量来进行调整。

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这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-09-27 10:51

更新时间: 2023-09-27 10:58

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