作为生物信息学家，我可以使用Python编写一个脚本来解决这个问题。以下是一个示例代码：

import os

# 指定目录路径
directory = '/path/to/directory'

# 遍历目录中的所有文件
for filename in os.listdir(directory):
    if filename.endswith('.fa'):
        filepath = os.path.join(directory, filename)
        
        # 打开文件
        with open(filepath, 'r') as file:
            lines = file.readlines()
            
            # 提取以"poptri"开头的蛋白序列
            for i in range(len(lines)):
                if lines[i].startswith('>poptri'):
                    protein_sequence = lines[i+1]
                    print(protein_sequence)

请将代码中的/path/to/directory替换为你存放.fa文件的目录的实际路径。

这段代码将遍历指定目录中的所有.fa文件，逐行读取文件内容。当找到以"poptri"开头的行时，它将提取该行之后的蛋白序列并打印出来。

希望这个回答能够帮到你，如果有任何问题，请随时提问。