pheatmap画图的数据导入问题 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

3: 关注

3602: 浏览

pheatmap画图的数据导入问题

生信问题

请问下大家，我现在通过WGCNA得到了各个模块的基因名字，然后也通过代码获得了，每个颜色模块的基因的表达量，并且均一化。然后我要开始pheatmap画热图，但是在导入完数据，我用str（）命令查看数据类型发现是num和chr交替的，因此导致我后续pheatmap（）报错，报错内容为Error in x - m : non-numeric argument to binary operator 第一张图是我代码，第二张图是str（）之后看到数据是num和chr的，估计因此导致我后续pheatmap报错，第三张图为我的原始导入数据。恳请大佬帮我看看，哪里有问题，调整了一个晚上，还是没搞定。感激不尽

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-30 17:39

对你的数据进行一下处理就好了， new_df_exp.fix = as.numeric(new_df_exp[,c(-1,-2)]) rownames(new_df_exp.fix) = new_df_exp[,2] pheatmap(new_df_exp.fix)

赞同 0 1评论

qliu 初级会员用户来自于: 华中农业大学
2018-08-30 17:41

你的data里面还混有chr列的数据，将所有你的数据先转变为numeric类型的数据 apply(data[,3:ncol(data)], 2 , as.numeric())

赞同 0 0评论

关于作者

: sysuwinux 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-30 17:10

更新时间: 2018-08-30 17:41

关注人数: 3 人关注

相关问题

axel，wget下载数据出错的问题，没头绪: 2768 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 2348 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

DiffBind 标准化数据: 2710 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何批量下载SRA数据库中的数据？: 3568 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

prokka数据库更新: 2935 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

WES数据下游分析和可视化结果展示: 3504 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

转录组数据样本聚类结果不理想: 3172 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA结合蛋白数据库: 3025 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？: 4423 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc: 3454 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错: 3544 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 L1插入位点的百分比密度分布: 2652 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 SPSS报错: 3170 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用lapa进行APA分析: 2781 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？: 3562 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 logistic回归、异常值: 2802 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 3471 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？: 3256 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 kraken2软件运行时内存分配的问题: 5183 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026