RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？

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RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？

如标题，通常在做ChIP、ATAC-seq等表观相关组学时，会有blacklist region混淆结果。请问这种现象在RIP-seq中存在吗？如m6A-RIP-seq这种。如果存在，blacklist region会相同吗？还是说有自己独立的blacklist region？

PS. 19年Mol Cell的一篇文章（https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31279659/），进行m6A MeRIP-seq analysis的时候，直接去除ENCODE project的blacklist region，但实际上该项目针对的是整个基因组

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-05 20:45

ChIP-seq，ATAC-seq可能会用到black list，是因为基因组上有一些比较特殊的区域，有可能会被抗体非特异富集，或者是一些simple repeat区域，容易造成call peak的假阳性。所以需要搞个black list去做个过滤。

但是m6A-seq都确定是转录组上的东西了，肯定都是基因区的peak啊，所以black list意义不大。

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-05 16:57

根据目前公开可获得的信息，RIP-seq没有像ChIP-seq那样的官方blacklist region合集。但是，类似于ChIP-seq，RIP-seq也可能会受到一些因素的影响，例如基因本身的高表达、高GC含量、重复序列等，这些可能会影响到RIP-seq的分析结果。因此，一些研究人员可能会通过自己的实验数据或者公共数据库的分析，来建立适合自己研究对象的blacklist region合集。对于m6A-RIP-seq这种特定的RIP-seq实验，如上述提到的研究，可以从ENCODE project中直接去除blacklist region。然而，需要注意的是，在不同的实验设计和分析流程中，blacklist region可能会有所不同，因此需要根据具体情况进行筛选和调整。

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发布时间: 2023-06-05 16:53

更新时间: 2023-06-05 20:45

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