非已知转录因子预测

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转录因子

问题：现在有个非已知的TF（原核生物，并且有这个生物的自己做的基因组序列），想预测这个TF的结合位点和靶基因。通过blast得知该TF是和一个已知TF同源的序列，有特征DNA结合域和激活域,也就是可以证明其就是给转录因子。其结合域是HTH，请问我下一步该怎么做呢？可否继续进行预测，因为HTH结合的DNA特异性并不强。非常感谢

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fengling 初级会员用户来自于: 上海市
2018-10-09 09:14

[size=14]blast得知该TF是和一个已知TF同源的序列的话，其实就可以认为这个TF就是那个已知的TF来处理，所以应该可以直接用已知TF的结合位点和靶基因来验证未知TF是否就是已知TF，如果验证成功，那么两者就可以确定是同一种TF。单纯从逻辑上可以做出以上推断。：）[/size]

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发布时间: 2018-10-08 23:27

更新时间: 2018-10-09 09:14

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