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孟浩巍超级管理员

先把生信坑能做够10年！

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孟浩巍在 2023-06-02 17:55 回答了问题 单细胞RNA_seq: 空转bin_size; 孟浩巍: slide-seq我印象里是直接solid index的技术吧？这样的技术可以改binsize吗？我怎么感觉从原理上不能改啊。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-02 17:36 回答了问题 Chip_Seq: bivalent domains 如何计算; 孟浩巍: 这个所谓的bivalent domain指的就是一段染色质区域，处于即可能开放又可能抑制的状态。比如你上面提到的，H3K4me3这个就是典型的active的 histone marker； H3K27me3就是repressive的 histone marker；然后如果这两个同时存在，就...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

匿名用户在 2023-06-02 17:31 回答了问题 生信入门: 申博、科研; 孟浩巍: 我建议可以先看看我的B站视频。生信入门的经验分享 https://www.bilibili.om/video/BV1c7411h7k6/?spm_id_from=333.999.0.0; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍在 2023-06-02 17:29 回答了问题 生信报错: 调用micromamba 安装好的软件却发生报错; 孟浩巍: 截止到2023年6月2日，通过我详细比较conda，mamba，micromamba以后。我的建议如下：暂时还不使用micromamba；使用conda 3.10版本，安装以后在base环境中安装mamba；在安装mamba以后，不再在conda的base环境中安装任何包；所有需...; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-02 17:27 回答了问题 基因组: 运行roary软件不出结果，命令行用了这种; 孟浩巍: 提示你需要输入两个文件，是不是你这两个文件的路径不对啊？; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-02 17:27 回答了问题 Chip_Seq 软件安装 perl motif分析: MEME motif analysis 软件的安装; 孟浩巍: meme这个包可以用conda进行安装，我建议使用conda直接创建新的环境然后进行安装。别自己编译。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-02 17:25 回答了问题 单细胞RNA_seq: 空转bin_size; 孟浩巍: 可以在snakemake里设置一个rule order，就可以确保一个rule全部运行完以后再运行下一个rule。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-02 17:24 回答了问题 三代测序: Nanopore三代全长; 孟浩巍: 提问要提具体一点的问题，太泛的问题只能靠GPT回答了。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-01 15:48 回答了问题 表观遗传学: H3K27ac occupancy怎么定义？; 孟浩巍: 做个H3K27ac的ChIP-seq，直接计算某个位置的RPKM或者CPM等数值就可以类似叫做H3K27ac occupancy。和Peak的区别就在于，任何位置都可以。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

匿名用户在 2023-06-01 15:47 回答了问题 生信入门: 请大佬为我指明方向，感谢！！！; 孟浩巍: 由于本人性格的原因，不好意思向导师请教我觉得还是要好好先改改性格吧…… 因为做科研是一定要沟通和交流的。全凭闭门造车，做啥科研啊……; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

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