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孟浩巍在 2023-06-30 00:02 回答了问题 软件安装: micromamba安装软件; 孟浩巍: 通过我详细比较conda，mamba，micromamba以后。我的建议如下：暂时还不使用micromamba；使用conda 3.10版本，安装以后在base环境中安装mamba；在安装mamba以后，不再在conda的base环境中安装任何包；所有需要的分析，全部都通过mam...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-29 23:58 回答了问题 差异基因软件比较: trimmomatric使用报错; 孟浩巍: 以上报错，看不出具体的问题。大概率还是要从你输入的数据的完整性上考虑。看看是不是输入的数据下载不完整或者其他啥原因。也可以试试cutadapt。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-29 23:57 回答了问题 conda: conda安装mamba问题; 孟浩巍: mac电脑哪怕是M1芯片的，也要安装x86 conda，否则可能会出现没有包的情况；你这个大概率是channel没设置好。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-29 23:56 回答了问题 数据处理 linux: linux bam数据替换; 孟浩巍: 这个操作有点奇怪，因为如果上面换了，后面的alignment内容也得换。如果都换就直接一行一行处理按字符串替换即可。; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-25 16:15 回答了问题 统计: Min-Max标准化; 孟浩巍: 和之前的问题类似，关键问题你得明白秩和检验是在做什么。简单来说，操作改变数据排序，就有影响；反之则对秩和检验结果没有影响。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-25 16:14 回答了问题 统计: log2后的数据进行Wilcoxon秩和检验对结果存在什么影响？; 孟浩巍: log函数不改变单调性，所以不影响排序，也就自然不影响秩和检验结果。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-25 16:13 回答了问题 生信分析 生信问题: computeMatrix画图问题; 孟浩巍: G图可以，但是H，和I图明显是富集分析的结果。应该是找到peak以后又和gene做了关联，然后做了gene的富集分析。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-25 16:12 回答了问题 基因组: the accessibility of sgRNA binding to the target site是什么意思，有详细解答嘛; 孟浩巍: sgRNA肯定是指Cas9的sgRNA；然后 accessibility 一般就是指可及性，所以我猜应该是做了分析，说有些sgRNA binding的地方染色质比较松散，有些比较密集，不容易打开，也就不容易被sgRNA binding; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-21 17:37 回答了问题 生信分析: 使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图; 孟浩巍: 这个报错是说你的label长度和你的样品长度不匹配。先去掉这个参数，画一下图即可。最后的名字在Adobe Illustrator里调整。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-06-20 10:40 回答了问题 生信问题: 安装R包sf报错; 孟浩巍: 你这个是缺GADL的库，我建议带有root权限的人去编译这个库。下面是我编译安装的命令，供你参考。 # centos 安装GDAL # GDAL 依赖 PROJ 6，所以先安装PROJ 6 wget https://download.osgeo.org/proj/proj-6.0.0.ta...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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