孟浩巍 超级管理员

先把生信坑能做够10年！
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孟浩巍 在 2018-08-24 22:47 回答了问题
TCGA R语言 RStudio
我的Rstudio所有的函数都是出现报错说没有某某某函数
孟浩巍: 1. 检查这个包确实安装上了； 2. 这个包确实载入了。
孟浩巍 在 2018-08-24 17:26 回答了问题
生信入门 数据处理
去除数据中特异值的方法
孟浩巍: 简单说说这个问题，其实归结到一句话还是具体问题具体分析。 比如在进行热图的绘制过程当中，有的时候需要把过于大或者过于小的数字进行一下处理，常用的办法就是让它们等于某个分位数。从而让整个热图的颜色分布比较均匀，视觉效果比较好。 再比如，在查看分布的时候，你觉得数字之间有数量级的差异，比如gene ...
孟浩巍 在 2018-08-24 13:37 回答了问题
问题求解 R heatmap 聚类分析
用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图
孟浩巍: 我画heatmap更喜欢用pheatmap这个函数。 [code]ph = pheatmap(your_mat,cluster_cols = F, cluster_rows = T)[/code]上面的代码就是对列不聚类，对行聚类，并把结果保存到了ph变量里。 同时，在ph里面可以使用下面的代码查看...
孟浩巍 在 2018-08-24 09:11 回答了问题
生信入门
请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了
孟浩巍: 刚看了一下，确实打不开网页。 我看这个软件发布也不是很晚，建议直接给通信作者写信，要这个软件，一般1到2天之内都能得到回复。
孟浩巍 在 2018-08-24 00:08 回答了问题
生信入门 Gene ID转换
【求助】如何确定一种基因ID的类型
孟浩巍: 这个没有太好的办法，就是凭经验。比如你写的，第一种就特别像玉米的gene id，第二种就是RefSeq，第三种不清楚。 我觉得这不是一个特别费心思的事情，首先做一个方向，常见的几种形式需要知道和熟悉，比如ensembl，比如refseq，比如ucsc。其次，看到不熟悉的gene id形式直接就go...
孟浩巍 在 2018-08-23 21:56 回答了问题
芯片数据分析
基因表达芯片的分类问题
孟浩巍: 双通道是指扫描两次，1次红光，1次绿光； 双通道只能表示相对强弱，不能够表示绝对强弱，因此不同样本不能比较，绝对数值大小。 单通道就是扫描一次，单色的，可以表示绝对数值，不同样本，不同批次的芯片数据可以进行比较。   常见双通道：甲基化芯片； 常见单通道：SNP芯片，表达量芯片等等。
孟浩巍 在 2018-08-23 21:30 回答了问题
没事找事
先埋一个帖子，希望一年之后大家都能收获到自己想要的。
孟浩巍: 1年以后，希望我们的【生信坑】能够越挖越大！也希望这一年里，我们能学到更多知识。   加油！
孟浩巍 在 2018-08-23 20:53 回答了问题
生信入门 R Bioconductor GEOquery
GEOquery下载GEO数据软件报错
孟浩巍: windows下这个包总是出各种各样的问题，建议使用Linux环境运行。   同时，[size=14]GSE36552_series_matrix.txt.gz这个文件本身就可以读到R里面，只不过不如能生成标准的Experiment Set类型。我觉得不影响你的下游分析。[/size]
孟浩巍 在 2018-08-23 20:49 回答了问题
问题求解
如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题
孟浩巍: 首先，对于FastQC duplication衡量的问题，应该先考虑是什么建库方式。是DNA重测序，还是RNA-Seq，如果是RNA-Seq duplication level报警是很容易的，因为很多gene存在多拷贝的情况。   其次，那么这个duplication到底严不严重，或者后续怎么处理呢...
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