孟浩巍 超级管理员

先把生信坑能做够10年!
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孟浩巍 在 2018-09-19 08:35 回答了问题
小麦660K芯片里,参考碱基那一列的A/C,哪个才是参考基因组的碱基?
孟浩巍: 一般情况下是 A/T 表示ref A 到 T有一个mutation
孟浩巍 在 2018-09-18 22:03 回答了问题
双端测序的sra文件,经过fastq-dump --split-3,出现3个结果是什么原因?如下图
孟浩巍: 可能是提交数据的时候,单端和双端测序的数据混在一起了。 建议后续分析的时候可以只用双端。
孟浩巍 在 2018-09-18 22:02 回答了问题
关于基因间的相关性分析
孟浩巍: 如果样本数目很多的话,这个就是典型的WGCNA的问题! WGCNA  = 加权共表达网络分析
孟浩巍 在 2018-09-18 17:19 回答了问题
lnc筛选
孟浩巍: 一般情况下是都保留。
孟浩巍 在 2018-09-18 15:46 回答了问题
R
Rstudio安装R包时,出现unable to move temporary installation
孟浩巍: 66666666
孟浩巍 在 2018-09-18 14:14 回答了问题
请问一下,R语言环境下,如何在dataframe数据中添加一个key列呢?具体描述见正文
孟浩巍: 那我就给一个R语言的代码吧,比如: [code]> df df a b 1 m 1 2 n 2 3 k 3 4 p 4[/code]那么我们只需要: [code]> key = sprintf("%s.%s",df$a,df$b) > df$key = key > df a b key...
孟浩巍 在 2018-09-18 14:10 回答了问题
有台Dell工作站,如何配置成服务器
孟浩巍: 其实服务器本质上就是个电脑了。   如果想通过网线访问你的Dell工作站,只需要给你的Dell工作站安上一个Linux操作系统,然后再放到同一个局域网下就行了。   具体我建议安装Ubuntu的1604或者是CentOS7 都可以,这两个系统都支持图形界面与非图形界面。
孟浩巍 在 2018-09-17 21:43 回答了问题
如何计算富集分析里的差异倍数
孟浩巍: 这个东西吧,就是很简单的倍数关系啊。 比如背景值是 2000 / 10000, 你的富集结果 是 900/1000, 所以你的富集倍数是:   就是  (900 * 10000) / (2000 * 1000) = 4.5     
孟浩巍 在 2018-09-17 21:29 回答了问题
stringtie 得到的gtf 通过DESeq2分析后stringtieID 如何转换成esmbleID
孟浩巍: 你现在貌似还没有做gffcompare,看一下stringtie的处理流程: [attach]230[/attach]  
孟浩巍 在 2018-09-17 21:13 回答了问题
批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离
孟浩巍: 如果是在R里面,可以考虑使用GenomicRange这个包(我之前的Bioconductor视频里专门介绍过),里面有一个求距离的函数。   所以你对每个突变位点,对每个gene的每个exon进行求距离,就可以找到最近的exon了。   intron的方式一样,只不过是需要先通过exon来生成int...
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