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孟浩巍在 2018-09-24 17:35 回答了问题 R: 求助，安装DESeq2遇到问题; 孟浩巍: 试试在安装的时候这么安： [code]>source("https://bioconductor.org/biocLite.R") >options(BioC_mirror="http://bioconductor.org") >biocLite("DESeq2")[/code]; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-24 16:14 回答了问题 测序原理 生信入门: 新人求教关于测序以及免疫的问题; 孟浩巍: 简单来说吧，genome绝大多数的区域是非gene区，gene的绝大多数是intron，少数是exon（外显子）。而对于一些疾病来说，绝大多数情况下是exon的突变造成的。因此对于这种情况下，如果进行全genome的测序，就会浪费很多测序量，很多时候只测exon就行了，这就是外显子组测序的优势...; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-24 13:27 回答了问题 linux下gcc+安装问题: sudo apt-get install gcc++出现如下报错该如何解决？系统是：ubuntu14 server 版; 孟浩巍: 我看你这个问题好久了，我帮你搜了搜。结果应该是几个包的版本冲突了，得一个一个卸载然后重新安装，如果特别麻烦你就重装系统吧…… 笑哭; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-24 13:20 回答了问题 小白: 请问一下大家生物信息学的生物学具体应用; 孟浩巍: 我建议收听一下我的知乎Live 《如何快速入门生物信息学》，里面专门讲了这个部分。 [url]https://www.zhihu.com/lives/851804180241846272[/url]; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-24 13:19 回答了问题 RNA_seq: RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值; 孟浩巍: 这个是有可能的，因为1个gene对应多个转录本，你看到的是每个转录本的FPKM，你看基因的FPKM应该是合并了这些结果之后的表格。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

匿名用户在 2018-09-24 13:18 回答了问题 R: 关于ggplot2画条图的问题; 孟浩巍: 提供一个思路，你在循环绘图的时候，获取一下bar的数目，也就是你的显著GO的结果的数目。然后保存图片的时候，用ggsave函数，在里面设置输出的图像的长宽即可。比如bar的数目为10时，你可以设置height为10，bar数目为5的时候设置为5等等。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-22 20:17 回答了问题 linux 静态ip设置: 请问一下，如何将登陆服务器局域网的ip设置为静态的呢？; 孟浩巍: 这个需要去设置你的ip地址： 1. 首先切换到目录 [code]cd /etc/sysconfig/network-scripts[/code]2. 查看里面的内容，这里面存着每个网卡对应的配置文件，比如你有两个网卡，你就有会两个文件名类似ifcfg-em1, ifcfg-em2的文件，找到你对...; 赞同2 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-22 20:09 回答了问题 python文件处理: python怎么追加输出一列; 孟浩巍: 比如你要输出1到10，分别对应文件的1到10列 [code]with open("test.txt","w") as output_file: out_list = range(1,11) out_list_str = map(str,out_list) output_fil...; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-21 17:08 回答了问题 R语言 画图: 请问如何使用R语言绘制散点图; 孟浩巍: 这两张图，第1张就是个散点图，直接在R里面用plot就可以画。虚线是用abline函数添加的。比如你的两个case的表达量分别是case_A，case_B 这里我用模拟数据代替： [code]case_A = abs(rnorm(1000,mean = 30,sd = 2)) case_B =...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

匿名用户在 2018-09-21 14:30 回答了问题 GO分析: 为什么我在做go的时候，用clusterProfiler富集没有结果，但是用网站http://geneontology.org/ 做就有很多呢？代码如图; 孟浩巍: 有可能是使用的gene 背景不同，你可以把qvalue的cutoff设置成1，pvalue的cutoff也设置成1，把所有的输出结果与你网页上GO的结果对比。仔细查看一下具体富集到某个通路的gene数目。我的经验是，clusterprofile的富集结果更严格一些。DAVID的结果和clust...; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

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