孟浩巍 超级管理员

先把生信坑能做够10年！
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孟浩巍 在 2018-10-10 09:35 回答了问题
R. 芯片
如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异
孟浩巍: 可以使用limma包，具体参考我之前的视频。   第9次Live上机录像：20180804-如何使用R语言分析生物芯片数据 [url]https://www.bilibili.com/video/av29802900[/url] 主要内容 [list] [*]生物芯片处理流程及方法概览[/*] [...
孟浩巍 在 2018-10-10 09:34 回答了问题
htseq
htseqcount和featurecount计数不一样
孟浩巍: htseq-count 里面有简单的过滤设置，你看你图中是分红色和蓝色的， 其中红色代表的是map到正链的，蓝色代表的是map到负链的reads。 而你的gene是一个负链gene，我猜你可能是htseq-count统计的时候分链了。
孟浩巍 在 2018-10-08 22:14 回答了问题
富集分析
如何判断GO号的层级？
孟浩巍: 这个感觉很少这么用，就是从根注释数过来，是第几层就是几级，你可以从GO官网或者是 [url]https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/go[/url]  去查
孟浩巍 在 2018-10-08 16:55 回答了问题
数据下载 文献阅读
如何下载指定文献的原始数据？？
孟浩巍: 在文章里面搜索GEO编号一般是GSE开头的，然后按照视频里的操作进行下载，现在一般是使用prefetch进行下载。   参考视频： 第9次Live上机录像：20180804-如何使用R语言分析生物芯片数据 网址 [url]https://www.bilibili.com/video/av298029...
孟浩巍 在 2018-10-07 10:37 回答了问题
文献阅读 基因注释
Identification of Missing Genes in Rice Annotation by Histone Modifications 怎么理解这段？
孟浩巍: 就是 histone modification 可以对应基因区，然后rice的注释里没有注释成gene的区域，但是有对应的histone modification信号，那么也推断它是一段gene区。
孟浩巍 在 2018-10-07 10:32 回答了问题
环境变量
linux环境变量错误导致无法运行命令
孟浩巍: 把/bin  /usr/bin 等目录添加到PATH环境里面就好了。   [code]echo "export PATH=/bin:$PATH" >> ~/.bashrc echo "export PATH=/usr/bin:$PATH" >> ~/.bashrc source ~/.ba...
孟浩巍 在 2018-10-05 16:32 回答了问题
RNA_seq
【坐标北京】近期准备做一些RNA-seq，想请问一下大家哪些公司比较靠谱？-w-
孟浩巍: 诺禾致源感觉还可以。
孟浩巍 在 2018-10-05 13:41 回答了问题
生信具体问题
如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads
孟浩巍: samtools view 命令的使用说明如下： [code]Usage: samtools view [options] || [region ...] Options: -b output BAM -C output CRAM (requires -T) -...
孟浩巍 在 2018-10-05 13:39 回答了问题
算法
对于BLAST算法在高歌老师的课上提到运用哈希函数和有限自动机的模型去提高数据检索效率，不是很理解其中的原理，希望得到大神们的帮助
孟浩巍: 哈希的意思就是把所有的可能seed全部储存，这样的话就可以把问题简化成O(1)复杂度，但是空间上是爆炸的，因此不好用。
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