孟浩巍 超级管理员

先把生信坑能做够10年！
男
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孟浩巍 在 2023-05-23 11:30 回答了问题
R语言软件包安装
R package 安装问题
孟浩巍: 根据提示，应该是缺少gcc编译环境，你安装一个gcc编译环境应该就行了。
孟浩巍 在 2023-05-23 09:42 回答了问题
单细胞RNA_seq
运行harmony后counts数变成小数
孟浩巍: harmony不改变原始矩阵count，不用担心。改也肯定不是harmony改的。
孟浩巍 在 2023-05-23 09:41 回答了问题
生信问题
3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop
孟浩巍: 这3者的尺度一般意义上是不同的。 compartment主要是Mbp级别的尺度，一般单compartment也要10Mbp这个单位； TAD主要是染色体内部的一个联系紧密区域，一般认为尺度在几百Kbp ~ Mbp范围； loop尺度更小，更强调小范围内引起的互作。
孟浩巍 在 2023-05-23 09:39 回答了问题
问题求解 生信问题 生信具体问题
使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错
孟浩巍: 目前只看报错不能判断问题。 chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。 1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？ 2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？ 能复现错误，之后才好进一步排查。 
孟浩巍 在 2023-05-23 09:39 回答了问题
问题求解 生信问题 生信具体问题
使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错
孟浩巍: 目前只看报错不能判断问题。 chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。 1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？ 2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？ 能复现错误，之后才好进一步排查。 
孟浩巍 在 2023-05-22 20:20 回答了问题
perl
求助，运行软件时遇到perl问题
孟浩巍: conda所有的安装问题都是安装东西的时候改了base环境，所以强烈大家去看看micromamba这个东西！把conda都换成micromamba！！！ 链接如下： micromamba官网
孟浩巍 在 2023-05-21 18:38 回答了问题
Chip_Seq deeptools. ChIP_seq
ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？
孟浩巍: 这都是不太规范的做法，其实是应该做统计检验的。 哪怕是不做统计检验，也应该在画图的时候把置信区间画出来。 现在这个线，是均值的连线，应该是加上置信区间，在有置信区间的基础上，还能有差异，才是比较好的结果。
孟浩巍 在 2023-05-21 18:38 回答了问题
Chip_Seq deeptools. ChIP_seq
ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？
孟浩巍: 这都是不太规范的做法，其实是应该做统计检验的。 哪怕是不做统计检验，也应该在画图的时候把置信区间画出来。 现在这个线，是均值的连线，应该是加上置信区间，在有置信区间的基础上，还能有差异，才是比较好的结果。
孟浩巍 在 2023-05-20 16:13 回答了问题
转录组
我测了一批寄生蜂的转录组样品，FPKM值感觉好奇怪，合理吗？
孟浩巍: 有一些组成型的基因表达量就是很高，这个是okay的。 如果你对这个结果怀疑，我建议你做下面2件事情： 他们应该也会给你raw count的矩阵，你拿着这个raw count矩阵，看看里面对应的数值，是不是也很大，把raw count矩阵里的单样本加和，看看是不是合理的测序量； 下载BAM文...
孟浩巍 在 2023-05-19 20:12 回答了问题
表观遗传学
cut tag 测序相关问题
孟浩巍: 先回答你第2个问题，fastqc里的所谓重复不影响你做分析，那个的评估不准确。 然后是unique mapping的比例，只要你看到目标区域有富集峰，那就继续分析即可。 不是说一定要完美的建库结果，才能分析出有生物学意义和价值的东西。
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