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孟浩巍在 2023-05-31 23:41 回答了问题 基因组 基因组组装资料分享: likelihood ratio test; 孟浩巍: likelihood ratio test是个常用的方法，可以去读一下计量经济学教材，一般都会讲到这个方法。反而是常规的一些统计书里好像没有什么太多的介绍。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍在 2023-05-31 23:40 回答了问题 转录组: HISAT2建立索引; 孟浩巍: 1. 可以不加SNP信息；和RNA的剪接位点信息； 2. 后面两个python脚本是自带的。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

匿名用户在 2023-05-31 23:39 回答了问题 conda: conda 安装成功但创立独立环境报错; 孟浩巍: HTTP 000 这种一般就是网络问题。重试一下，或者换个网络环境。; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-05-30 09:56 回答了问题 数据处理 Chip_Seq: Chip-seq bam文件的处理; 孟浩巍: 现在的测序质量都很高，基本上不用做之前那种trim操作，就直接cut adapter序列之后比对即可。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-05-30 09:52 回答了问题 二代测序 服务器: 可否将比对软件的输出文件直接输出到内网的NAS设备中; 孟浩巍: 没问题的，主要是看你的NAS配置，一般入门级的NAS都是千兆级别以上的网卡，内网连接（同一交换机）上基本不存在丢包的状况。而且你可以直接挂载成磁盘，就和你本地的文件夹读取是一样的，没区别。如果想再进一步提速，就得看你NAS支不支持光纤，光纤可以做到万兆级别。; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-05-28 20:33 回答了问题 表观遗传学: epigenome editing tools; 孟浩巍: 之前2016年前后火了一阵子，后来就消停了。主要还是编辑效率和最后表型之间的关系还是比较弱。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-05-28 20:33 回答了问题 表观遗传学: 表观遗传学标记; 孟浩巍: 这啥问题啊……QAQ; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-05-26 20:00 回答了问题 WGCNA: WGCNA; 孟浩巍: 是这样。你算出来的模块（module）是一群有强相关的基因，这些相关是指在多种sample里都有比较明显的相关性。然后具体这个模块的基因在不同组织里到底是怎么表达的，那不一定同高，同低。我不知道我的解释是不是明白了。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-05-26 19:57 回答了问题 生信问题: HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果; 孟浩巍: 我有几个建议：去读一下官网的mannual，然后看看是否有不同；提交的时候，看看有没有暴露后端提交的代码，因为网页版本质上还是命令行计算，看看他们的参数怎么设置的。实在不行，写邮件给作者。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-05-26 16:35 回答了问题 生信入门: 如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列; 孟浩巍: 你是想下载NT库和NR库里的病毒序列吗？直接去NCBI的FTP站上，都可以直接下载。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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