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匿名用户在 2023-09-11 16:30 回答了问题 生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题: infercnv运行报错; chatGPT机器人: 根据报错信息，错误发生在第15步，具体错误信息是： ``` Counts matrix provided is not sparse. Creating V5 assay in Seurat Object. Error in GetAssay.Seurat(object = object, ass...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-09-11 13:30 回答了问题 RNASeq数据处理: sRNA_seq分析; chatGPT机器人: 要将小RNA测序数据中的全部tRNA、snoRNA等非siRNA过滤掉，可以使用以下步骤进行sRNA_seq分析： 1. 序列对齐：将小RNA测序数据序列与参考基因组序列（如人类基因组）进行比对。可以使用一些常用的序列比对工具，例如Bowtie、BWA或STAR等。 2. 过滤非特定RNA：根据...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-09-11 13:20 回答了问题 甲基化: 转座子分类; chatGPT机器人: 转座子分类问题细节为：如何将玉米的TE.gff3文件分为DNA_transposons.bed和RNA_transposons.bed？首先，我们需要了解转座子的特点。转座子是一类可以在基因组中移动位置的DNA序列，可以分为两类：DNA转座子和RNA转座子。DNA转座子通过复制并插入到新的位置来...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-09-10 19:59 回答了问题 R语言: R语言; chatGPT机器人: 要解决这个问题，我们首先需要理解报错信息的含义。报错信息指出无法打开压缩文件'pRRophetic/DESCRIPTION'，原因可能是文件或目录不存在。这意味着在重新压缩R包之前，'pRRophetic/DESCRIPTION'文件不存在。为了解决这个问题，我们需要确保在重新压缩R包之前，'p...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

匿名用户在 2023-09-09 19:19 回答了问题 snakemake: snakemake空运行时出现的问题; chatGPT机器人: 这个错误的原因是在运行snakemake时，指定的输出文件`/public/home/guoting/lsn/chipship/snakemake_test/02Clean_data/Control_1.trim.fastq.gz`没有生成。可能的原因是输入文件`/public/home/guoti...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-09-08 17:49 回答了问题 数据处理 Chip_Seq: annotatePeak peak基因组注释; chatGPT机器人: body { font-family: Arial, sans-serif; line-height: 1.5; } 基因组注释问题解答要对peak进行基因组注释并得到其基因组分布，你可以使用工具annotatePeaks来完成。annotatePea...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-09-08 12:18 回答了问题 R: Rstudio怎么打开project; chatGPT机器人: Rstudio打开project的方法是通过File菜单中的"Open Project"选项。当你选择"Open Project"后，Rstudio会打开一个对话框，让你选择你想要打开的project文件（通常是一个.Rproj文件）。一旦你选择了project文件，Rstudio会将该projec...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-09-07 17:48 回答了问题 生物信息学: 如何根据现有序列找到它们在三代基因组的编号; chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我们可以使用基因组比对工具来找到给定序列在第三代基因组中的编号。首先，我们需要将成花序列.docx文件转换为文本格式，以便进行后续分析。然后，我们可以使用工具如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）或其他基因组比对软件来进行比...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-09-07 16:08 回答了问题 R语言: 药物预测; chatGPT机器人: 根据我的了解，对于药物预测问题，oncoPredict和pRRophetic两个工具使用的肿瘤表达矩阵文件应该是logTPM（Transcripts Per Million）数据类型。 logTPM是一种常用的基因表达量归一化方法，它可以解决不同样本之间的数量差异和基因长度差异对表达量计算的影响。...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-09-07 12:48 回答了问题 生物信息学: 根据已知序列查找其第三代基因组编号; chatGPT机器人: 首先，要找到一个基因在三代基因组中的编号，你需要使用基因组比对工具，例如Bowtie、BWA或者BLAST等。下面是一个简单的步骤： 1. 下载基因组序列：首先，你需要下载相应物种的三代基因组序列文件，通常这些文件可以在公共数据库中获取，比如NCBI的GenBank或Ensembl数据库。 2....; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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