孟浩巍 超级管理员

先把生信坑能做够10年！
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孟浩巍 在 2023-06-07 20:29 回答了问题
生信分析 生信问题 基因组
kraken2软件运行时内存分配的问题
孟浩巍: kraken就是内存消耗型的软件，没啥好办法，上更大内存一定是最简单的办法。 我记得当年我们直接把整个nt库做kraken，那相当酸爽！
孟浩巍 在 2023-06-06 11:55 回答了问题
motif分析
homer
孟浩巍: 我感觉还是你这个范围提取序列的时候，出问题了。可能是有的region取不到上游800.
孟浩巍 在 2023-06-06 11:54 回答了问题
Chip_Seq
chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢
孟浩巍: 不同的目标蛋白，ChIP-seq的peak数目肯定不同。 具体你这个蛋白是多少，可以看看前人文献，也可以看看公共数据。 另外，选择call peak的阈值时，找出来peak以后要IGV截图看看，是不是真的看上去像个peak，如果阈值选择好了以后，虽然call出来3000个峰，但是随机选300个，...
孟浩巍 在 2023-06-05 20:45 回答了问题
Chip_Seq RNA_seq
RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？
孟浩巍: ChIP-seq，ATAC-seq可能会用到black list，是因为基因组上有一些比较特殊的区域，有可能会被抗体非特异富集，或者是一些simple repeat区域，容易造成call peak的假阳性。所以需要搞个black list去做个过滤。 但是m6A-seq都确定是转录组上的东西了，肯...
孟浩巍 在 2023-06-05 14:30 回答了问题
转录组
转录组定量结果为0
孟浩巍: 你可以选一下view in pairs的模式，看一下这些reads的mapping是不是都是合理的。 然后再看一下，你的这个转录本是不是包含在你技术的gtf里。 最后再看看是不是质量比较低的mapping结果，是不是过滤掉了？
孟浩巍 在 2023-06-05 14:25 回答了问题
测序原理 二代测序
双端测序一定要paired去mapping吗？
孟浩巍: 感觉你是没有get到fragment这个概念。 pair reads是来自于打断的片段，这个片段叫fragment。 然后如果fragment的长度长过300bp，那么R1和R2的reads是不能把fragment测通的。 但是能确定是来自同一个fragment，这个fragment一般来说不...
孟浩巍 在 2023-06-05 13:48 回答了问题
转录组
二代转录组去除批次效应
孟浩巍: 一定要用，就combat吧，没太好的办法。combat也不是神仙。
孟浩巍 在 2023-06-05 13:45 回答了问题
生信报错
vContact2安装问题
孟浩巍: 估计就是包版本的问题。这个是个老大难的问题，有的脚本就用了某个包的某个特性。 曾经我写过一个脚本，调用了Biopython包，1.72不报错，1.73和1.71都报错。 这个没啥好办法，最好是直接问作者，然后建版本号一模一样的环境运行。
孟浩巍 在 2023-06-05 13:43 回答了问题
生信问题
启动子染色质开放性
孟浩巍: 影响转录的有多个原因，染色质开放程度仅仅只是1个因素。 所以染色质开放程度和基因表达量是个相关关系，并不是因果关系。 有些染色质开放程度低，但是可能有一些重要的转录因子影响了转录效率，都是有可能的。
孟浩巍 在 2023-06-02 17:55 回答了问题
单细胞RNA_seq
空转bin_size
孟浩巍: slide-seq我印象里是直接solid index的技术吧？这样的技术可以改binsize吗？我怎么感觉从原理上不能改啊。
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