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孟浩巍在 2023-08-15 17:07 回答了问题 编程语言: linux bash编程debug; 孟浩巍: 这种为啥非得用shell难为自己，直接用python或者R不好么……; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-08-15 17:06 回答了问题 R语言: 转录组; 孟浩巍: 具体你想说的差异是什么？; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-08-15 17:05 回答了问题 数据处理 Chip_Seq: chip-seq数据下载有多个SRA; 孟浩巍: 如果是一个样本有多个SRA号，大概率是多次测序，一般直接merge在一起分析即可。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-07-15 18:11 回答了问题 生信具体问题: 聚类分析问题; 孟浩巍: 比如K-means，你的目的是分几类病人，那么就是以哪个为行。或者PCA，比如你想区分是哪些基因影响了分类，每个基因的共享如何，那么就是gene做列，病人做行（一般都是这样）。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-07-15 18:09 回答了问题 转录组: 聚类数据标准化; 孟浩巍: 如果已经都是TPM了，就直接聚类就行。有的时候喜欢对TPM或者FPKM进行 log2处理。具体你可以看看哪个效果好。; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-07-15 18:08 回答了问题 数据处理 Chip_Seq: bowtie2比对报错; 孟浩巍: 这个报错比较泛，只要完不成都是这个报错。一般这种情况，就是看看内存是不是够，文件是不是完整。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-07-15 18:08 回答了问题 基因组: HiC-pro; 孟浩巍: 可以啊，我每次都是单独的rep进行比对，分析。怎么处理生物学重复是下游的问题。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

匿名用户在 2023-07-15 18:07 回答了问题 生物信息学 生信分析: 生存分析KM-plot问题; 孟浩巍: 不可以。一定要用TPM，或者FPKM; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-07-15 18:06 回答了问题 生信分析: chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图; 孟浩巍: 嗯，是输入一个类似bed格式的文件。你说的narrowpeak也是一个bed类似的文件。这个文件主要就是记录了基因组的peak的位置。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

匿名用户在 2023-07-15 18:05 回答了问题 生物信息学 生信分析: 生存分析KM-plot交叉问题; 孟浩巍: 建议上个图，是不是样本量比较少，这种情况variation就会比较大。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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