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孟浩巍在 2018-08-31 12:58 回答了问题 TCGA: cox单因素分析问题; 孟浩巍: 目前提供的TCGA数据都是RSEM; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-31 11:42 回答了问题 生信软件包 R语言软件包安装: linux系统下，R语言，安装软件包install.packages("units")，出现如下问题该如何解决？; 孟浩巍: 楼上正解！; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-08-31 11:41 回答了问题 deeptools. ChIP_seq: deeptools对ChIP-seq可视化中bw文件的选择问题？; 孟浩巍: bw是bigwig文件，里面包含了genome上每个稳点的覆盖情况，一般是从BAM文件转换到bw文件。如果是做全genome的可视化以及质控，比如衡量是否富集，衡量相关性等等，我建议用全genome的bw去做。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-31 08:55 回答了问题 生信入门: 安装anaconda时conda命令无法起作用; 孟浩巍: 输入的安装命令是什么？; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 5 回复

匿名用户在 2018-08-30 20:26 回答了问题 数据库 NT库: 创建NT子库以及NT库提取特定物种分类的序列; 孟浩巍: 贴出你的问题啊…… 你这不顺利是哪里不顺利…… 别让大家猜你的问题啊！; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-30 20:25 回答了问题 问题求解: 如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）; 孟浩巍: 可以参考我的代码，使用org里面拟南芥的数据库 [code]############################################# # 第1次运行请安装下列R包 ############################################# source("htt...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-30 17:39 回答了问题 生信问题: pheatmap画图的数据导入问题; 孟浩巍: 对你的数据进行一下处理就好了， new_df_exp.fix = as.numeric(new_df_exp[,c(-1,-2)]) rownames(new_df_exp.fix) = new_df_exp[,2] pheatmap(new_df_exp.fix); 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-30 16:52 回答了问题 Chip_Seq: 老铁们，我想问下，如果homer找到了motif1，那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。; 孟浩巍: 我提供一个思路哈，不一定是最简单的办法： 1. 将bed里面的region注释上genome序列，可以使用R里面的BSgenome进行； 2. 在bed里面进行搜索motif序列，可以使用R里面的Biostring进行；; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-30 10:01 回答了问题 生物信息学 考研: 考研生物信息学院校推荐; 孟浩巍: genomics是个比较宽泛的概念，如果是考研的话，是不是可以考虑基因组所？; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-08-29 16:17 回答了问题 digeo: 最近在测试有一个可变剪切的软件，听说比rmats效果好; 孟浩巍: 2017年新的软件，还没有试过。之前我们用rMATS的结果挺好的，能够和实验结果match。目前我还是推荐用rMATS，毕竟这么多人检验过。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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