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孟浩巍在 2018-09-19 08:35 回答了问题 芯片数据分析: 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？; 孟浩巍: 一般情况下是 A/T 表示ref A 到 T有一个mutation; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-18 22:03 回答了问题 sra文件解压缩: 双端测序的sra文件，经过fastq-dump --split-3，出现3个结果是什么原因？如下图; 孟浩巍: 可能是提交数据的时候，单端和双端测序的数据混在一起了。建议后续分析的时候可以只用双端。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-18 22:02 回答了问题 生信入门 生信分析 生物信息学 生信问题: 关于基因间的相关性分析; 孟浩巍: 如果样本数目很多的话，这个就是典型的WGCNA的问题！ WGCNA = 加权共表达网络分析; 赞同2 反对 0 人感谢 4 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-18 17:19 回答了问题 基因 转录本 lnc筛选: lnc筛选; 孟浩巍: 一般情况下是都保留。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-18 15:46 回答了问题 R: Rstudio安装R包时，出现unable to move temporary installation; 孟浩巍: 66666666; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-09-18 14:14 回答了问题 R数据处理: 请问一下，R语言环境下，如何在dataframe数据中添加一个key列呢？具体描述见正文; 孟浩巍: 那我就给一个R语言的代码吧，比如： [code]> df df a b 1 m 1 2 n 2 3 k 3 4 p 4[/code]那么我们只需要： [code]> key = sprintf("%s.%s",df$a,df$b) > df$key = key > df a b key...; 赞同1 反对 0 人感谢 3 评论 4 回复

孟浩巍在 2018-09-18 14:10 回答了问题 服务器: 有台Dell工作站，如何配置成服务器; 孟浩巍: 其实服务器本质上就是个电脑了。如果想通过网线访问你的Dell工作站，只需要给你的Dell工作站安上一个Linux操作系统，然后再放到同一个局域网下就行了。具体我建议安装Ubuntu的1604或者是CentOS7 都可以，这两个系统都支持图形界面与非图形界面。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-17 21:43 回答了问题 富集分析: 如何计算富集分析里的差异倍数; 孟浩巍: 这个东西吧，就是很简单的倍数关系啊。比如背景值是 2000 / 10000, 你的富集结果是 900/1000，所以你的富集倍数是：就是（900 * 10000) / (2000 * 1000) = 4.5; 赞同1 反对 1 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-17 21:29 回答了问题 stringtie: stringtie 得到的gtf 通过DESeq2分析后stringtieID 如何转换成esmbleID; 孟浩巍: 你现在貌似还没有做gffcompare，看一下stringtie的处理流程： [attach]230[/attach]; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-17 21:13 回答了问题 基因组注释: 批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离; 孟浩巍: 如果是在R里面，可以考虑使用GenomicRange这个包（我之前的Bioconductor视频里专门介绍过），里面有一个求距离的函数。所以你对每个突变位点，对每个gene的每个exon进行求距离，就可以找到最近的exon了。 intron的方式一样，只不过是需要先通过exon来生成int...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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