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孟浩巍在 2018-10-11 17:00 回答了问题 基因组组装资料分享: 基因组组装; 孟浩巍: 基因组组装的内容不是很熟悉，但是有几个非常经典的文章你肯定需要看的。 1. human genome project的Nature和Science文章； 2. 使用3代测序测的第1个韩国人genome，发表在Nature上； 3. 使用3代测序测的第1个中国人genome，发表在Nature C...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-10-11 16:57 回答了问题 hichip: Hichip得到loop数据如何注释？; 孟浩巍: 最常用的注释软件是homer软件里面的annotationPeaks，我建议你去看一下下面的链接。注释的信息非常完整。 [url]http://homer.ucsd.edu/homer/ngs/annotation.html[/url]; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-10-10 11:05 回答了问题 RNA_seq: R语言作火山图问题; 孟浩巍: 我是觉得绘图命令没啥问题，造成这个现象的原因是你表格本身里面有一些gene没有过滤。我的建议： 1. 对原始的[size=14]cuff_diff表格进行筛选，只保留ctrl或者treat中至少有1个FPKM > 1 的gene；[/size] [size=14]2. 对这些筛选过后的表格...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-10-10 09:35 回答了问题 R. 芯片: 如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异; 孟浩巍: 可以使用limma包，具体参考我之前的视频。第9次Live上机录像：20180804-如何使用R语言分析生物芯片数据 [url]https://www.bilibili.com/video/av29802900[/url] 主要内容 [list] [*]生物芯片处理流程及方法概览[/*] [...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-10-10 09:34 回答了问题 htseq: htseqcount和featurecount计数不一样; 孟浩巍: htseq-count 里面有简单的过滤设置，你看你图中是分红色和蓝色的，其中红色代表的是map到正链的，蓝色代表的是map到负链的reads。而你的gene是一个负链gene，我猜你可能是htseq-count统计的时候分链了。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-10-08 22:14 回答了问题 富集分析: 如何判断GO号的层级？; 孟浩巍: 这个感觉很少这么用，就是从根注释数过来，是第几层就是几级，你可以从GO官网或者是 [url]https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/go[/url] 去查; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-10-08 16:55 回答了问题 数据下载 文献阅读: 如何下载指定文献的原始数据？？; 孟浩巍: 在文章里面搜索GEO编号一般是GSE开头的，然后按照视频里的操作进行下载，现在一般是使用prefetch进行下载。参考视频：第9次Live上机录像：20180804-如何使用R语言分析生物芯片数据网址 [url]https://www.bilibili.com/video/av298029...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-10-07 10:37 回答了问题 文献阅读 基因注释: Identification of Missing Genes in Rice Annotation by Histone Modifications 怎么理解这段？; 孟浩巍: 就是 histone modification 可以对应基因区，然后rice的注释里没有注释成gene的区域，但是有对应的histone modification信号，那么也推断它是一段gene区。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-10-07 10:32 回答了问题 环境变量: linux环境变量错误导致无法运行命令; 孟浩巍: 把/bin /usr/bin 等目录添加到PATH环境里面就好了。 [code]echo "export PATH=/bin:$PATH" >> ~/.bashrc echo "export PATH=/usr/bin:$PATH" >> ~/.bashrc source ~/.ba...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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