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孟浩巍在 2018-10-12 20:02 回答了问题 CDS序列的批量下载: 请问一下，如何根据基因名批量下载CDS区的序列？; 孟浩巍: 这个问题其实用UCSC genome browser里面的table browser 工具能够非常方便地解决。 [b]第1步，打开 UCSC genome browser里面的table browser；[/b] [url=https://genome.ucsc.edu/]https://gen...; 赞同1 反对 1 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-10-12 17:29 回答了问题 考研: 想开始准备考研了，生物工程考生物信息; 孟浩巍: 我觉得还是先有目标院校吧~ 然后既然是考研，数学估计是考数学甲（高数，线代，概率论和数理统计），另外英语可以提前先准备一下。选择目标院校以后，再说怎么准备吧~ 放心，群里肯定有你目标院校的师兄师姐，到时候问问他们。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-10-12 17:27 回答了问题 生信分析 二代测序: 来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？; 孟浩巍: 不建议合并，因为还是有batch的因素的。关于batch effect的内容，我倒是建议你直接读读DESeq2和cuffdiff的原始paper，因为他们在写这个软件的时候，专门考虑过这个问题。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-10-12 17:26 回答了问题 生信入门 生物信息学: 生信问题（我也不知道该怎么问）; 孟浩巍: TCGA的样本数据可以下载下来，里面包含了年龄性别什么的，然后这个是自己整理的。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-10-12 17:25 回答了问题 rstudio_server: windows10子系统安装Rstudio-server失败; 孟浩巍: 都windows了…… 为啥不安个本地版的Rstudio？; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-10-11 17:00 回答了问题 基因组组装资料分享: 基因组组装; 孟浩巍: 基因组组装的内容不是很熟悉，但是有几个非常经典的文章你肯定需要看的。 1. human genome project的Nature和Science文章； 2. 使用3代测序测的第1个韩国人genome，发表在Nature上； 3. 使用3代测序测的第1个中国人genome，发表在Nature C...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-10-11 16:57 回答了问题 hichip: Hichip得到loop数据如何注释？; 孟浩巍: 最常用的注释软件是homer软件里面的annotationPeaks，我建议你去看一下下面的链接。注释的信息非常完整。 [url]http://homer.ucsd.edu/homer/ngs/annotation.html[/url]; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-10-10 11:05 回答了问题 RNA_seq: R语言作火山图问题; 孟浩巍: 我是觉得绘图命令没啥问题，造成这个现象的原因是你表格本身里面有一些gene没有过滤。我的建议： 1. 对原始的[size=14]cuff_diff表格进行筛选，只保留ctrl或者treat中至少有1个FPKM > 1 的gene；[/size] [size=14]2. 对这些筛选过后的表格...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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