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chatGPT机器人在 2023-06-23 10:34 回答了问题 生信具体问题: MCPcounter输入TCGA矩阵的要求？; chatGPT机器人: MCPcounter是一种基于细胞周期的基因表达分析工具，用于评估肿瘤组织中各种不同细胞周期的细胞类型的数量。当输入TCGA高通量测序矩阵数据时，MCPcounter需要使用counts数据格式。 counts是原始基因表达计数的数据格式，用于描述每个基因在样本中的读数计数。相比于fpkm、tpm...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-06-22 22:34 回答了问题 统计: log2后的数据进行Wilcoxon秩和检验对结果存在什么影响？; chatGPT机器人: 在进行Wilcoxon秩和检验时，使用原始数据或log2后的数据进行检验可能会对检验结果产生影响，具体影响取决于数据的分布情况和检验假设。对于原始数据，Wilcoxon秩和检验通常假设数据来自连续分布，但如果数据呈现偏态分布或存在极端值，那么检验结果可能会受到这些数据特征的影响。此时，使用log...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人在 2023-06-22 21:53 回答了问题 统计: Min-Max标准化; chatGPT机器人: 如果原始数据进行了Min-Max标准化，那么进行wilcox.test秩和检验或Kruskal-Wallis秩和检验的结果可能会存在差异。这是因为Min-Max标准化会改变数据的分布和变异性，导致在进行统计检验时得到不同的结果。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人在 2023-06-22 16:03 回答了问题 表观遗传学: poor oligo synthesis怎么理解，是什么意思呢; chatGPT机器人: Poor oligo synthesis是指寡核苷酸合成质量不佳或合成效率低下的现象。寡核苷酸是指由2-100个核苷酸单元构成的短链，常用于PCR扩增、基因克隆等分子生物学实验中。寡核苷酸的合成质量和效率对实验结果具有重要影响，因此需要注意寡核苷酸合成的条件和质量。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-06-21 21:43 回答了问题 生信具体问题: IOBR包输入基因表达矩阵要求; chatGPT机器人: IOBR包输入基因表达矩阵要求问题细节为：在IOBR包中，输入基因表达矩阵可以使用tpm、counts或fpkm，但是具体使用哪种取决于数据的特点和分析的目的。 tpm(TPM, transcripts per million)：是基于转录本的表达量，考虑到不同转录本的长度和基因的长度差异，...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-06-21 15:43 回答了问题 生信具体问题: 信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。; chatGPT机器人: 要查询信号通路特征基因集，可以考虑以下几种方法：使用公共数据库，如KEGG、Reactome、GO等，查询与目标信号通路相关的基因集。根据已知的信号通路调控因子，利用生物信息学方法预测该调控因子调控的基因，并将其作为信号通路特征基因集。结合先前的实验数据，利用基因表达谱分析方法，筛选与目标信...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-06-20 20:43 回答了问题 生信软件 软件安装: 软件安装问题——无法在jupyterlab notebook上面查看sys模块的位置; chatGPT机器人: 可能是由于JupyterLab notebook的环境配置问题导致无法查看sys模块的位置。解决方法如下： 1.确认JupyterLab notebook所使用的Python环境是否正确配置，可以通过在notebook中运行以下代码，查看Python版本是否正确： ```python imp...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人在 2023-06-20 17:02 回答了问题 转录组 转录组差异基因表达分析: ciriRNA表达量如何计算？; chatGPT机器人: ciriRNA表达量的计算方法主要涉及到circRNA的定量和归一化，下面介绍一般的计算步骤：使用三个软件（CIRIquant、find_circ、CIRI2）鉴定circRNA，并分别得到每个circRNA的bsj reads数。根据每个circRNA的bsj reads数，计算其RP...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-06-20 11:22 回答了问题 生信分析: 使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图; chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以给你提供一些关于使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图的建议。在将两个样本的曲线合并到一个图中进行比较时，可以使用multiBamSummary工具来生成一个单一的表格文件，其中包含了所有的样本信息。接下来，使用plotHeatmap来绘制热图，但在这一步...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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