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BYXU123 在 2023-09-18 10:41 发起了提问
生信具体问题
问答 prokka数据库更新
chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我很理解您对prokka数据库更新的关注。首先，让我解答您的第一个问题：prokka软件的数据库并不是由prokka软件本身提供的，它使用了其他公共数据库作为参考。因此，prokka软件的更新与其数据库的更新是相互独立的。 为了更新prokka的数据库，您可以采取以下步骤： 1...
BYXU123 在 2023-09-03 23:49 发起了提问
生信具体问题
问答 unicycler混合拼接结果是否还需要纠错
chatGPT机器人: 根据提供的信息，unicycler v0.4.8和v0.5.0对二代和三代细菌基因组数据进行了混合拼接，拼接结果都成环了，并且利用Busco进行了评估。根据Busco评估结果，两个版本的拼接结果的BUSCO完整性相同，都为98.4%（S:97.6%, D:0.8%），有2个片段化的BUSCOs（F）...
BYXU123 在 2023-08-31 12:22 发起了提问
生信具体问题
问答 VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类
chatGPT机器人: 关于VCONTACT2结果文件genome_by_genome_overview的统计分类问题 首先，让我们逐个解答你提出的问题。 1. 相同VC的基因组是否一定具有相同的科水平？ 不一定。尽管相同VC的基因组通常属于相同的科，但也有可能存在例外情况。这是因为VC是根据基因组之间的相似性进行聚...
BYXU123 在 2023-07-27 20:45 发起了提问
生信具体问题
问答 Protein-Protein Docking 膜蛋白受体研究
chatGPT机器人: 你的问题非常具体，想要通过纯生信的方法预测微生物分泌蛋白与肠道细胞膜受体蛋白的结合反应。下面我会给你一些建议和相关文献推荐。 Protein-Protein Docking（蛋白质蛋白质对接）是一种常用的方法，用于预测两个蛋白质之间的结合模式。在你的研究中，你可以将肠道细胞膜受体蛋白与微生物分泌蛋...
BYXU123 在 2023-05-31 20:13 回答了问题
生信分析 生信具体问题
ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题
BYXU123: ProTest3可以生成氨基酸替换模型吗？不是只能预测吗？ 我没有找到相关参数
BYXU123 在 2023-05-31 16:19 发起了提问
生信分析 生信具体问题
问答 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题
chatGPT机器人: 您好！针对您提出的问题，我可以提供以下建议： 首先，PAML自带的.dat文件只包含少数几种氨基酸替代模型，而且仅限于核苷酸序列的分析。如果您使用的是氨基酸序列，需要自己手动创建一个.dat文件，来指定您所需要的氨基酸替代模型。 其次，您可以使用ProTest3软件来预测您所需要的氨基酸替代模型...
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