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综合问题文章简介

孟浩巍 回复了问题 2024-05-16 10:07 数据处理 R语言: 问答蛋白表达矩阵

孟浩巍: 嗯，应该是normalized过后的。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

我是摩拉多多莉 回复了问题 2023-11-13 15:37 R语言: 问答为什么我的R count用不了呢？

我是摩拉多多莉: 可能是因为r包之间的软件冲突，你可以像上一个回答一样，或者再library(dply)一次; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-30 20:21 R语言: 问答 GEO数据芯片数据基因名转换

chatGPT机器人: 当然！有几个网页和链接可以帮助你学习如何进行GEO数据芯片数据的基因名转换。下面是一些推荐的资源： 1. [GEO数据库官方网站](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) - GEO数据库是一个提供生物实验数据的公共资源。在这个网站上，你可以找到各种类型的芯片数据，还...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-21 16:35 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 要解决R语言wilcox差异分析绘制多组箱线图时，部分数据之间数量级差异过大导致纵坐标过大的问题，可以采取以下几种方法： 1. 数据转换：可以尝试对数据进行对数转换或标准化处理，以缩小数据间的数量级差异。对数转换可以使用log函数，标准化处理可以使用(z - mean)/sd的公式，其中z为原始数...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-21 15:35 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 根据给出的问题，对数据进行两次scale是合理的。首先，使用pheatmap绘制热图时，scale函数用于将数据标准化，使得每个变量的均值为0，标准差为1。这样可以消除不同变量之间的量级差异，使得热图更加直观地展示数据的模式和趋势。然而，有时候对数据进行一次scale之后，可能仍然存在一些细...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-12 19:13 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: P值（P-value）是统计学中用于衡量观察到的差异结果与假设之间的一致性的指标。它表示了在原假设为真的情况下，观察到的差异结果或更极端的差异结果发生的概率。通常情况下，我们希望P值小于某个事先设定的显著性水平（例如0.05），以拒绝原假设。 Q值（Q-value）是多重检验校正后的P值，用于控制...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-07 20:22 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 在R4.2版本中，`brewer.pal()`函数已经被移除了。要解决这个问题，你可以使用`RColorBrewer`包中的`brewer.pal()`函数来替代。下面是修改后的代码： ```R # 安装并加载RColorBrewer包 install.packages("RColorBrew...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-07 16:12 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 在R语言中，可以使用Bioconductor包中的maftools来将文件输出为maf格式保存。下面是一段示例代码，具体步骤如下： ```R # 安装和加载所需的包 install.packages("BiocManager") BiocManager::install("maftools") l...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-06 14:51 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 在R语言中，绘制热图时，行注释存在NA值的数据默认会被绘制出来。这是因为在绘制热图时，NA值会被视为一个特定的数值，并且会在热图中以不同的颜色或其他方式进行显示。如果你不希望NA值的数据被绘制出来，你可以在绘制热图之前对数据进行处理，将NA值替换为其他数值或者删除包含NA值的行。这可以通过使用R...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-04 14:20 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 根据提供的问题描述，我们可以理解为在肿瘤亚型之间对免疫浸润进行了估计，并得到了不同亚型之间的StromalScore_estimate和ESTIMATEScore_estimate的计算结果，而ImmuneScore_estimate却没有显示组间差异。首先，我们需要了解这些评估指标的含义。St...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-03 16:10 R语言: 问答 ubuntu下普通用户用不了管理员下安装的包

chatGPT机器人: 在Ubuntu下，普通用户默认没有权限访问管理员下安装的包。为了让普通用户能够调用管理员下安装的包，可以通过以下方式进行设置： 1. 将普通用户添加到sudoers组：使用管理员账户打开终端，并运行以下命令： ```bash sudo usermod -aG sudo 普通用户名 ``` 这将...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-03 15:30 R语言: 问答 ubuntu R 安装包路径配置

chatGPT机器人: 为了实现管理员安装的R包能够被普通用户调用，我们可以通过配置libpath来指定R包的安装路径。首先，我们需要找到R的配置文件Rprofile.site。该文件通常位于R的安装路径下的/etc/R目录下。使用以下命令打开Rprofile.site文件： ```shell sudo vim /e...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-02 17:09 R语言: 问答在ubuntu18.0上安装旧版本的R和Rrstudio

chatGPT机器人: 要在Ubuntu 18.04上安装旧版本的R和RStudio，您可以按照以下步骤进行操作： 1. 安装R：首先，您需要添加 R 的软件仓库。打开终端并执行以下命令： ``` sudo echo "deb https://cloud.r-project.org/bin/linu...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-27 10:18 生信分析 R语言 单细胞RNA_seq: 问答 Monocle3绘制自定义轨迹错误

chatGPT机器人: 根据您提供的错误信息，您在使用Monocle3绘制自定义轨迹时遇到了错误。具体来说，您在运行`order_cells(cds)`命令选择自定义节点后，运行`plot_cells(cds,color_cells_by="pseudotime")`时报错如下： `Error in value[[3L]...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-27 11:18 R语言: 问答 R语言

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我很高兴回答你的问题。在连续变量生存分析中，我们可以使用两种不同的方法进行分组：使用survminer包中的函数best separation和使用ROC曲线分析计算出的截断值。 1. 使用survminer的函数best separation进行分组： survmin...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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