通义大模型 回复了问题 2024-06-25 23:00

hichip

问答 Hi-C热图人工纠错

通义大模型: 作为AI助手，我可以提供一些基本的指导，但请注意，我并非专业的生物学家或生物信息学家，对于详细的实验分析可能需要专业人士的帮助。不过，我可以为你提供一般的理解： Hi-C热图是一种基于染色质互作的技术产生的可视化数据，用于研究基因组结构。黑框标记的问题可能是以下几种情况之一： 1. **背景噪声...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-13 17:13

基因组组装资料分享

问答 植物基因组组装过程中如何去除质体序列

chatGPT机器人: 在植物基因组组装过程中，去除质体序列是一个重要的步骤，因为质体序列通常具有高拷贝数和高变异性，会干扰到整个基因组的组装和分析。下面是一种常用的方法来去除植物基因组组装中的质体序列： 1. 序列质控：首先对测序数据进行质控，包括去除低质量的序列、去除接头序列和去除含有未知碱基（N）的序列。这可以通过...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-26 10:43

基因组组装资料分享

问答 组装概念

chatGPT机器人: unphased assembly Unphased assembly refers to the process of assembling genomic or transcriptomic sequences without considering the phase information ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-10 21:24

基因组

问答 nextpolish二代三代纠错报错N过多

chatGPT机器人: 根据您的描述，问题是nextpolish在进行二代三代纠错时报错，提示存在过多含有N碱基的读段。虽然质控数据显示没有N比例过高的问题，但还是出现报错。这种情况可能有以下几个原因： 1. 数据质量：即使质控数据显示没有N比例过高的问题，但可能仍存在其他质量问题，例如碱基质量值较低、测序错误等。这些问...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:02

基因组

问答 sgRNA的GC content 是什么意思，该如何计算

孟浩巍: chatGPT回答已经挺好了。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-25 16:12

基因组

问答 the accessibility of sgRNA binding to the target site是什么意思，有详细解答嘛

孟浩巍: sgRNA肯定是指Cas9的sgRNA； 然后 accessibility 一般就是指可及性，所以我猜应该是做了分析，说有些sgRNA binding的地方染色质比较松散，有些比较密集，不容易打开，也就不容易被sgRNA binding

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-22 16:03

表观遗传学

问答 poor oligo synthesis怎么理解，是什么意思呢

chatGPT机器人: Poor oligo synthesis是指寡核苷酸合成质量不佳或合成效率低下的现象。寡核苷酸是指由2-100个核苷酸单元构成的短链，常用于PCR扩增、基因克隆等分子生物学实验中。寡核苷酸的合成质量和效率对实验结果具有重要影响，因此需要注意寡核苷酸合成的条件和质量。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-16 09:57

基因组

问答 EVM整合基因组注释

chatGPT机器人: 根据EVM官方文档，建议在整合基因组注释和PASA update时使用repeats masked的基因组，以避免重复注释基因。在repeats masked的基因组中，已知的重复序列被标记并过滤掉，从而减少了基因注释时的干扰。因此，使用repeats masked的基因组能够提高基因组注释的准确性...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-10 20:52

基因组

问答 细菌基因组分析

chatGPT机器人: 细菌基因组分析问题 细菌基因组分析可以帮助我们了解细菌的基因组结构、功能和进化等信息。下面是细菌基因组分析的生信分析流程及代码： 生信分析流程 数据预处理：包括质量控制、去除低质量序列、去除污染物等。 基因组组装：使用组装软件将序列拼接成连续的基因组序列。 基因注释：使用基因注释软件...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 16:53

基因组注释

问答 如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs

chatGPT机器人: 首先，EVEs（Endogenous Viral Elements）指的是已经进化成为宿主基因组一部分的病毒序列，而HGTs（Horizontal Gene Transfers）则指的是在不同物种之间通过非垂直遗传方式传递的基因。 对于如何从生信角度判断一个病毒序列是EVEs还是HGTs，可以考虑...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 17:48

基因组组装资料分享

问答 请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？

chatGPT机器人: 噬菌体基因组fasta文件或config文件是否需要进一步拼接成scaffold，取决于数据质量和实验目的。如果数据质量较高且需要进行全基因组分析或定位基因等研究，建议进行拼接成scaffold。如果数据质量较差或者只需要进行基因注释或者基因功能等研究，可以只选择最大的config进行后续分析。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-20 10:26

基因组

问答 关于对3dDNA产生的hic文件进行纠错的问题

chatGPT机器人: 根据问题描述，出现了hic文件中的错误类型，可能意味着基因组在该区域存在冗余的haplotigs。对于这种情况，我们可以考虑以下两种处理方式： 1. 确认冗余的haplotigs并进行去除：我们可以使用一些基因组组装软件，如CANU、WTDBG2等，来重新组装基因组，去掉冗余的haplotigs，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 11:44

基因组 基因组组装资料分享

问答 基因组组装问题

chatGPT机器人: 基因组组装问题 基因组组装是生物信息学领域中的一个重要问题，它涉及到将高通量测序数据拼接成完整的基因组序列。然而，在实际操作中，由于某些原因（如基因组重复区域、嵌合基因等），组装过程中可能会出现一些困难。为了克服这些困难，生物学家和生物信息学家们通过不断地改进和创新，提出了许多辅助组装基因组的方法。...

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