chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-29 10:47

数据处理 linux Chip_Seq

问答 ROSE包 分析Super Enhancer

chatGPT机器人: 首先，可能存在一些原因导致您从GEO下载的原始SRA数据自己进行处理后得到的ROSE结果为空。以下是一些可能的原因： 数据处理中的错误：在处理原始SRA数据转换为BAM格式时，可能存在一些错误。您可以仔细检查数据处理的每个步骤，确保没有出错。 数据质量问题：原始SRA数据的质量可能会影响到...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 10:59

motif分析

问答 meme寻找大鼠的motif

孟浩巍: 你是想call motif还是怎么样？ 如果是call有没有显著富集的motif直接把peak对应的区域的fasta序列提取出来，然后跑DREME即可。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:40

生信分析

问答 chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping

孟浩巍: 一般不会这么分析，都是cutadapter以后直接双端序列比对。 然后比对完以后，在BAM文件里有个fragment size的记录值，你可以通过这个过滤。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:09

生信问题

问答 使用bedtools提取序列时的deyond length问题；bed负值

孟浩巍: 估计就是你提取的时候，有extend操作。 比如你的peak是3 ~ 900， 然后上下游延伸500bp，就变成了 -497  ~ 1400 一般这种，直接剔除即可。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-06 11:54

Chip_Seq

问答 chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢

孟浩巍: 不同的目标蛋白，ChIP-seq的peak数目肯定不同。 具体你这个蛋白是多少，可以看看前人文献，也可以看看公共数据。 另外，选择call peak的阈值时，找出来peak以后要IGV截图看看，是不是真的看上去像个peak，如果阈值选择好了以后，虽然call出来3000个峰，但是随机选300个，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 20:28

数据处理 Chip_Seq

问答 ROSE算法寻找SEs

chatGPT机器人: 根据问题描述，ROSE算法寻找SEs过程中出现了ROSE_bamToGFF.py文件找不到的错误。在这种情况下，通常需要检查以下几个方面： 1. 确认ROSE_bamToGFF.py文件是否在正确的路径下。可以通过使用命令"ls -l /path/to/ROSE_bamToGFF.py"来检查文件...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-30 09:56

数据处理 Chip_Seq

问答 Chip-seq bam文件的处理

孟浩巍: 现在的测序质量都很高，基本上不用做之前那种trim操作，就直接cut adapter序列之后比对即可。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-21 18:38

Chip_Seq deeptools. ChIP_seq

问答 ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？

孟浩巍: 这都是不太规范的做法，其实是应该做统计检验的。 哪怕是不做统计检验，也应该在画图的时候把置信区间画出来。 现在这个线，是均值的连线，应该是加上置信区间，在有置信区间的基础上，还能有差异，才是比较好的结果。

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