ChIP-seq测序深度 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

3291: 浏览

ChIP-seq测序深度

Chip_Seq

想请教一下大家，我有一个敲低组和WT的ChIP-seq，指定测6个G的大小，结果公司返回的数据中，敲低组有10个G，而WT只有4个G，这种情况下，我去用deeptools RPKM标准化作图的时候，得到了和实验结果相反的现象；想问一下有什么办法能随机减小文库大小么？还是这种情况只能重新上机了。

重新上机最快还要一周，感觉对课题的进度影响还蛮大的，以及想问一下，有没有前辈知道，公司在测序时，测序深度很难控制么？为什么会返回大小差异如此之大的数据啊？谢谢各位！

好问题 1 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-17 16:59

一般可以用downsample的方式部分解决这个问题。

我有两个建议：

WT先去加测6个G；
在等待加测数据回来的过程中，把WT的数据downsample，具体也很简单，要么就是BAM文件直接downsample，用samtools view 命令即可；要么就是在原始reads的时候就用head命令搞定。

赞同 1 0评论

关于作者

: 西红柿 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

2: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-17 16:14

更新时间: 2023-11-28 15:05

关注人数: 2 人关注

相关问题

ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 3507 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

chip-seq数据下载有多个SRA: 2914 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

三代测序使用进行gmap比对: 2977 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

原核生物的转录组测序为什么比真核的贵？: 3377 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图: 6671 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

双端测序的sra文件，经过fastq-dump --split-3，出现3个结果是什么原因？如下图: 2607 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

cut tag 测序相关问题: 3440 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

新人求教关于测序以及免疫的问题: 2192 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求重测序不同群体示例数据: 1405 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

如何知道自己测序的adapter序列？: 3048 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 ROSE算法寻找SEs: 2410 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问验证数据集基因名称: 2402 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 aspera SRA 数据批量下载: 3245 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？: 3930 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问染色体重叠区域问题: 2314 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问老铁们，我想问下，如果homer找到了motif1，那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。: 2018 浏览 0 关注 1 回答 0 评论

问 chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢: 3316 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 bowtie2比对报错: 3824 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 chip-seq数据下载有多个SRA: 2914 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026