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参考基因组添加外源基因序列进行比对

我在进行单细胞测序的时候，想区分不同来源的肿瘤细胞，因此在一类细胞中外源导入GFP，另一类中导入Luciferase，且我已知这些基因的序列。在完成测序并获得原始数据后，是否应该在参考基因组中添加这一列外源基因的序列进行index和比对？如果理论上可行的话，实际应该如何操作？直接在fa文件中添加新的chr和序列吗？请大家帮我出出主意，谢谢！

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-23 15:51

这个一般是把额外的序列当一条单独的染色体，就是在你的reference genome的FASTA文件里多加几条序列。

然后重新建index，建完index以后再重新比对。

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: Lucas230523 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-05-23 15:38

更新时间: 2023-05-24 15:50

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