针对第一个问题，可能有以下几个方面的问题：
1. 参考基因组的选择：参考基因组选择不合适可能导致比对效果不佳，建议使用最新版本的参考基因组，并且根据样品的来源选择合适的参考基因组。
2. 比对参数的选择：gmap比对有很多参数需要设置，如seed长度、最大误配数等，不同的参数会对比对效果产生影响，需要针对实验设计进行优化。
3. 数据质量的问题：三代测序数据相对于二代测序数据来说，数据质量会有一定程度的差异，如果数据质量不好，比对效果也会受到影响。 针对第二个问题，由于quiver过的高质量序列相对于ccs序列来说，经过了错误校正和拼接等步骤，因此序列长度会有所缩短，400M左右的大小是正常的。
这家伙很懒，还没有设置简介
