htseqcount和featurecount计数不一样 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

713: 浏览

htseqcount和featurecount计数不一样

htseq

最近尝试了一下，发现featurecount的值是htseqcount值的4倍左右。但当我具体去IGV里看具体的reads数的时候，发现featurecount的值才是正确的。所以我不知道以后要不要相信htseqcount的结果了。。。。

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-10-10 09:34

htseq-count 里面有简单的过滤设置，你看你图中是分红色和蓝色的，其中红色代表的是map到正链的，蓝色代表的是map到负链的reads。而你的gene是一个负链gene，我猜你可能是htseq-count统计的时候分链了。

赞同 0 2评论

关于作者

: 城管大队哈队长 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

6: 回答

0: 文章

6: 问题

问题动态

发布时间: 2018-10-09 20:27

更新时间: 2018-10-10 17:49

关注人数: 2 人关注

相关问题

featureCounts assigned reads率低，正常吗？: 1267 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

关于tophat2 + cufflinks 得到的差异基因和featureCounts差异基因数目相差太大原因: 952 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 htseq使用出现故障: 700 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 HTseq gtf文件的选择: 910 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024