如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads

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对于BLAST算法在高歌老师的课上提到运用哈希函数和有限自动机的模型去提高数据检索效率，不是很理解其中的原理，希望得到大神们的帮助

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fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置

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菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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求助一个shell脚本问题

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【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？

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先埋一个帖子，希望一年之后大家都能收获到自己想要的。

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在N-W算法中，为什么忽略了从x状态道y状态的转化（xi对应到一个空位到yi对应一个空位的转化）

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SRA、SRP、SRX、RUN等一些列NCBI genebank数据库中的一些缩略词官方解释或者全称，谢谢，虽然做了一段时间生信但是对这些小问题并没有重视，希望大家解答

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最近在测试有一个可变剪切的软件，听说比rmats效果好

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