你好！以下是我为你推荐的关于三代重测序结合DNA甲基化的论文：

1. "Whole-genome sequencing and methylation analysis of a single cell using nanopore sequencing" by Clark et al. (2017) - 这篇文章介绍了使用纳米孔测序技术进行单细胞的全基因组测序和甲基化分析。他们展示了如何利用这种方法获取高质量的基因组和甲基化信息，并讨论了其在单细胞研究中的潜在应用。

2. "Integrative analysis of 11,000 whole-genome bisulfite sequencing libraries for DNA methylation patterns in human and mouse" by Ziller et al. (2018) - 这篇文章对人类和小鼠的11,000个全基因组亚硫酸盐测序文库进行了综合分析，揭示了DNA甲基化模式的复杂性和变异性。他们还提供了一个开放的数据库，供研究人员探索和可视化这些数据。

关于WGS和WGBS联合分析的文章推荐如下：

1. "Integrative analysis of genome-wide DNA methylation and gene expression profiles in molecular subtypes of breast cancer" by Fleischer et al. (2014) - 这篇文章结合了全基因组DNA甲基化和基因表达谱的分析，研究了乳腺癌的分子亚型。他们发现甲基化模式与基因表达之间存在明显的关联，并鉴定了与不同亚型相关的甲基化标记物。
2. 2. "Integrative analysis of DNA methylation and gene expression reveals distinct hepatocellular carcinoma subtypes with prognostic impact" by Hlady et al. (2019) - 这篇文章使用综合分析方法研究了肝细胞癌的DNA甲基化和基因表达谱。他们发现了不同的亚型，并确定了与患者预后有关的甲基化和表达标志物。 希望这些论文能为你提供一些启发和帮助！如果还有其他问题，请随时向我提问。祝你好运！

三代重测序 + 甲基化测序，如果还三代 + 二代没啥优势啊。

如果是三代直接读甲基化的信号，算法也很多了，你可以看看肖传乐老师的paper

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