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MEME motif analysis 软件的安装

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孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-06-02 17:27

meme这个包可以用conda进行安装,我建议使用conda直接创建新的环境然后进行安装。别自己编译。

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-01 17:48

MEME motif analysis 软件的安装问题细节

使用MEME-chip进行motif分析时报错,提示没有安装XML::Simple模块。

安装XML::Simple和XML::Parser模块后,在MEME文件夹下进行make test,meme-chip依然报错,提示找不到XML::Parser::Expat模块。

下面是解决方法:

  1. 首先,需要确保已经安装了Perl和cpan模块。
  2. 使用cpan命令安装XML::Simple和XML::Parser模块:
  3. cpan[1]> install XML::Simple
    cpan[2]> install XML::Parser
  4. 如果在make test过程中,依然提示找不到XML::Parser::Expat模块,则需要手动安装该模块。
  5. 手动安装XML::Parser::Expat模块的步骤如下:
    1. 下载XML-Parser-2.44.tar.gz文件。
    2. 解压文件:
    3. tar zxvf XML-Parser-2.44.tar.gz
    4. 进入解压后的目录:
    5. cd XML-Parser-2.44
    6. 配置、编译、安装:
    7. perl Makefile.PL
      make
      make test
      make install
  6. 重新运行MEME-chip进行motif分析。

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发布时间
2023-06-01 17:44
更新时间
2023-06-02 17:27
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