三代序列挑选目的序列 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

695: 浏览

三代序列挑选目的序列

三代测序

各位大佬，目前手上有一个无参物种的三代全长GFA序列，想在此文件中挑选近缘物种的目的基因序列，该怎么做啊？感谢大佬相授！！！

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-25 16:07

首先，需要通过BLAST或其他序列比对工具比对该无参物种的三代全长GFA序列与已知近缘物种的基因序列库进行比对，以确定与该物种相似的基因序列。

接着，可以使用基于组装或基于比对的方法对已筛选出的基因序列进行进一步挑选和筛选，以确保选出的序列具有高质量和可靠性。

最后，可以使用基于进化关系的分析方法，如系统发育分析或构建物种树等，进一步确定所选目的基因序列的进化关系和分类地位。

赞同 1 2评论

关于作者

: 张菜菜的生信学习 注册会员
生信小白

0: 回答

0: 文章

2: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-25 16:02

更新时间: 2023-05-25 16:07

关注人数: 2 人关注

相关问题

blastp后，我想提取score的序列，请问使用python应该怎么写这个脚本: 697 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用bedtools提取序列时的deyond length问题；bed负值: 1281 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 763 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

从多个.fa文件中提取以“poptri.”开头的蛋白序列: 464 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

三代重测序结合DNA甲基化的推荐文章: 1406 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

有哪些常用的有参序列拼接工具？: 681 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

如何知道自己测序的adapter序列？: 964 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？: 869 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？: 574 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

根据已知序列查找其第三代基因组编号: 535 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 Nanopore三代全长: 798 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问三代重测序结合DNA甲基化的推荐文章: 1406 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问三代测序使用进行gmap比对: 831 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024