请问一下，如何根据基因名批量下载CDS区的序列？

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请问一下，如何根据基因名批量下载CDS区的序列？

CDS序列的批量下载

目前我使用的是entrz-direct软件，进行的下载，但是只能做到mRNA序列的批量下载，还做不到CDS的批量下载。我的代码是 esearch -db nucleotide -query NM_010162 | efilter -query '"Mus"[orgn]' | efetch -format fasta 如果可以搞到CDS序列就循环一下，结果只能得到mRNA序列。请问是方法有问题吗？或者有没有推荐的方法？

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-10-12 20:02

这个问题其实用UCSC genome browser里面的table browser 工具能够非常方便地解决。 [b]第1步，打开 UCSC genome browser里面的table browser；[/b] [url=https://genome.ucsc.edu/]https://genome.ucsc.edu/[/url] [attach]320[/attach] [b]第2步，设置要求的genome版本，物种参数，选择的区域，输出文件名等等；[/b] [attach]319[/attach] [b]第3步，选择获得的序列类型[/b] [attach]317[/attach] [b]第4步，输出文件[/b] [attach]318[/attach] 同理，UTR区域，蛋白序列等等都可以用这种方法下载。

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发布时间: 2018-10-12 19:22

更新时间: 2018-10-12 20:02

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