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htseqcount和featurecount计数不一样

htseq

最近尝试了一下，发现featurecount的值是htseqcount值的4倍左右。但当我具体去IGV里看具体的reads数的时候，发现featurecount的值才是正确的。所以我不知道以后要不要相信htseqcount的结果了。。。。

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城管大队哈队长初级会员用户来自于: 中国
2018-10-10 17:49

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-10-10 09:34

htseq-count 里面有简单的过滤设置，你看你图中是分红色和蓝色的，其中红色代表的是map到正链的，蓝色代表的是map到负链的reads。而你的gene是一个负链gene，我猜你可能是htseq-count统计的时候分链了。

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关于作者

: 城管大队哈队长 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-10-09 20:27

更新时间: 2018-10-10 17:49

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