通过富集得到了一些信号通路，我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的，如何实现呢？

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通过富集得到了一些信号通路，我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的，如何实现呢？

癌症相关信号通路

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3 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-20 21:54

这是一个好问题，这个属于分析下游的事情了。一般对于这种问题，我有2个建议： 1. 比如你富集到了通路A，然后你就把富集到通路A的gene全部找到，之后一个一个去查；看看到底哪个和cancer相关。 2. 拿你感兴趣的cancer的通路去做GSEA分析。

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ChongWu 注册会员用户来自于: 广东省广州市
2018-09-21 14:41

生信新手小白回答，供参考：在做GSEA的时候，可以选择用MSigDB（[url=http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/collections.jsp#C6）里的C4-CM]http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/collections.jsp#C6[/url]）里的C4: computational gene sets-CM: cancer modules和C6: oncogenic signatures 这些gene set collections进行富集分析，这些gene sets都是与癌症相关的。

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Emile 初级会员用户来自于: 北京市
2018-09-21 21:32

1. 看你是用什么数据集进行的富集分析，在数据原网站一般会有对通路的注释，例如前面答主提到的GSEA@ChoneWu； 2. 到KEGG和GO网站去检索，看对应通路的注释; 3. TCGA在今年上半年有分析致癌通路的文章，里面总结了10个致癌通路，可以看一下有没有你富集到的[url]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29625050[/url] 个人经验：与细胞周期，增殖，凋亡相关的通路大多与癌症相关，对于生信分析结果的解读需要较好的医学背景，建议找领域内的人讨论分析。

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这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-09-20 17:18

更新时间: 2018-09-21 21:32

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