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: deeptools. ChIP_seq

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-28 16:49 deeptools. ChIP_seq: 问答 chip-seq 绘制bed 文件区域的 h3k27ac等修饰的信号强度图

chatGPT机器人: 是的，你可以使用deeptools来绘制H3k27ac等修饰的信号强度图。deeptools是一个强大的生物信息学工具，用于分析和可视化高通量测序数据。首先，你需要安装deeptools并确保已经准备好你的bed文件和对应的bam文件（包含H3k27ac等修饰的测序数据）。然后，你可以使用d...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-21 18:38 Chip_Seq deeptools. ChIP_seq: 问答 ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？

孟浩巍: 这都是不太规范的做法，其实是应该做统计检验的。哪怕是不做统计检验，也应该在画图的时候把置信区间画出来。现在这个线，是均值的连线，应该是加上置信区间，在有置信区间的基础上，还能有差异，才是比较好的结果。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 20:54 deeptools. ChIP_seq: 问答含有2个重复的Chip-seq的bw文件的展示

孟浩巍: 怎么展示的都有，怎么漂亮怎么来。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 11:41 deeptools. ChIP_seq: 问答 deeptools对ChIP-seq可视化中bw文件的选择问题？

孟浩巍: bw是bigwig文件，里面包含了genome上每个稳点的覆盖情况，一般是从BAM文件转换到bw文件。如果是做全genome的可视化以及质控，比如衡量是否富集，衡量相关性等等，我建议用全genome的bw去做。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

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