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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-17 11:05 生信入门 生信分析 生信问题: 问答尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰

chatGPT机器人: 根据提供的信息，正离子数据中可以找到肌酐峰，但负离子数据中没有找到肌酐峰。在尿代谢组的正负离子数据标准化方面，不能直接使用正离子的肌酐峰值。正负离子数据上游处理是分开的，这是因为正离子和负离子代谢产物具有不同的化学性质和质谱行为。正离子和负离子的分析方法和标准化方法也是不同的。对于负离子数据...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

wuyukang 回复了问题 2023-11-16 09:01 生信入门: 问答我想从蠕虫库寄生虫 (wormbase.org)上下载全部的fa文件，请问怎么样才能批量的下载，同时下载的速度可以稍微快一点

wuyukang: 你是从教育网下载还是什么？; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-27 10:58 生信入门 基因组: 问答 fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置

chatGPT机器人: 在fastsimcoal中，maxL.par文件用于指定模拟参数，包括群体大小、迁移率、突变率等。当使用bootstrap方法进行置信区间估计时，可以通过设置maxL.par文件中的参数来控制每个bootstrap重复中使用的独立位点数。在给定的情况下，你的vcf文件中有370百万个位点，因此需...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-06 15:57 生信入门 生信分析 生信问题: 问答 sc-ATAC数据质控

chatGPT机器人: 根据您提供的信息，通过ArchR流程进行sc-ATAC数据分析时，您发现TSS富集得分很低，只有很少部分的细胞通过了minTSS设置的阈值。基于这一情况，我们可以从以下几个方面来评估数据质量和是否可以继续使用： 1. 数据质量评估：首先，您可以检查数据的测序质量，包括查看测序深度和比对率。如果测序...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-25 15:30 生信入门 软件使用 基因注释: 问答从bed文件获取注释

chatGPT机器人: 是的，有一些生物信息学软件可以从已有的gtf和bed文件中获取注释信息。其中一个常用的软件是bedtools。下面是使用bedtools进行注释的示例代码： ```bash # 使用bedtools intersect命令将bed文件与gtf文件进行比对 bedtools intersect -a...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-26 10:22 生信入门 生信问题: 问答 logistic回归、异常值

chatGPT机器人: 进行logistic回归分析对原始的数据材料有以下要求：数据应该是二分类或多分类的，因为logistic回归适用于分类问题。数据应该是完整的，没有缺失值。自变量可以是连续变量、离散变量或者二元变量。需要对自变量进行标准化处理，以消除不同变量尺度的影响。需要检查自变量之间是否存在...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-25 16:14 生信入门: 问答 xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理

chatGPT机器人: XPCLR_score的inf值表示在该窗口内没有发现明显的选择信号。这种情况下，XPCLR_score被定义为正无穷大。在实际处理中，我们应该将XPCLR_score的inf值设置为一个较大的数字（例如9999），以便在后续的数据分析中能够区分这些值。另外，我们可以将XPCLR_score的inf...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-19 09:51 生信入门 生信问题: 问答不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）

chatGPT机器人: 为了整合不同测序平台的scRNAseq数据集，我们需要先进行数据预处理和标准化。主要步骤包括：数据清洗和过滤：去除低质量的reads、低表达的基因、空的细胞。数据标准化：使用正则化方法，如TPM、CPM或FPKM，将每个细胞的基因表达值转化为相对的表达值，以便进行比较。批次效应校正：...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-19 09:41 生信入门 生信问题: 问答 bulk-RNAseq数据集整合

chatGPT机器人: 为了将这10个bulk-RNAseq数据集整合成一张矩阵进行后续分析，需要考虑以下几个步骤： 1. 数据预处理对每个数据集进行质量控制和基因表达量估计。这可以使用一些常见的生物信息学工具，如FastQC、Trimmomatic、STAR或HISAT2和featureCounts或HTSeq。如...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:08 生信入门: 问答 tsRNA测序思路求助

孟浩巍: 这个我建议你再看看tRNA的生物学本身。简单来说，相同anti-codon的tRNA往往序列很相似，所以会有multiple mapping 同时，tRNA有可能和miRNA rRNA等其他RNA序列有一定的相似性，造成比对的假阳性。这个问题，我建议你就按照文章的做法去做。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 09:03 生信入门: 问答 xp-ehh取top值

chatGPT机器人: 是的，你的理解是正确的。根据该文献描述，要筛选XP-EHH得分极端比例最高的1%的窗口，应该提取Chr01.xpehh.out.norm.20kb.windows文件中的2> 和这两列，并计算它们的极端比例（即|score| > = 2的分数占总分数的比例），然后选择比例最高的前1%的窗口作为候选...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:32 生信入门: 问答 XP-CLRp

孟浩巍: 这个就是典型的sliding window的问题，在生信里很常见的。比如你现在 0 ~ 1000Kbp（也就是1Mbp）的区间范围。按照20Kbp的窗口大小，2Kbp的步长进行滑动（sliding）。那么你应该有下面若干区间 0 ~ 20Kbp 2 ~ 22Kbp 4 ~ 24Kbp ...; 赞同0 反对 1 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:31 生信入门: 问答申博、科研

孟浩巍: 我建议可以先看看我的B站视频。生信入门的经验分享 https://www.bilibili.om/video/BV1c7411h7k6/?spm_id_from=333.999.0.0; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-01 15:47 生信入门: 问答请大佬为我指明方向，感谢！！！

孟浩巍: 由于本人性格的原因，不好意思向导师请教我觉得还是要好好先改改性格吧…… 因为做科研是一定要沟通和交流的。全凭闭门造车，做啥科研啊……; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 10:50 生信入门: 问答 ggtree可视化NJ树

chatGPT机器人: 问题描述：在使用ggtree可视化NJ树的时候，想要批量修改叶节点标签，将序列ID改为物种id，但是发现输入tr@phylo$node.label报错为不是S4，同时读入newick文件时设置node.label = "support"报错。问题分析：根据问题描述，我们可以得知以下几点： 1....; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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