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生信问题

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综合问题文章简介

孟浩巍 回复了问题 2023-06-20 10:40 生信问题: 问答安装R包sf报错

孟浩巍: 你这个是缺GADL的库，我建议带有root权限的人去编译这个库。下面是我编译安装的命令，供你参考。 # centos 安装GDAL # GDAL 依赖 PROJ 6，所以先安装PROJ 6 wget https://download.osgeo.org/proj/proj-6.0.0.ta...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-19 09:51 生信入门 生信问题: 问答不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）

chatGPT机器人: 为了整合不同测序平台的scRNAseq数据集，我们需要先进行数据预处理和标准化。主要步骤包括：数据清洗和过滤：去除低质量的reads、低表达的基因、空的细胞。数据标准化：使用正则化方法，如TPM、CPM或FPKM，将每个细胞的基因表达值转化为相对的表达值，以便进行比较。批次效应校正：...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-19 09:41 生信入门 生信问题: 问答 bulk-RNAseq数据集整合

chatGPT机器人: 为了将这10个bulk-RNAseq数据集整合成一张矩阵进行后续分析，需要考虑以下几个步骤： 1. 数据预处理对每个数据集进行质量控制和基因表达量估计。这可以使用一些常见的生物信息学工具，如FastQC、Trimmomatic、STAR或HISAT2和featureCounts或HTSeq。如...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-18 20:49 生信问题: 问答转录本坐标转换成基因组坐标

孟浩巍: 关于转录组坐标转基因组坐标，我给你个神器。这个是我之前的一位师兄写的，现在人已经在兰大独立当PI了。 https://github.com/mt1022/gppy 主要功能： python小工具，用于GTF文件信息提取，转bed12，基因组与转录本坐标互相转换。仅依赖python标...; 赞同0 反对 1 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:42 生信分析 R语言 生信问题 WGCNA 生信具体问题: 问答使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据

孟浩巍: 如果是大型网站，这种问题99%是网络问题，另外1%是服务器自己的问题。如果是小型网站，这种问题50%是网络问题，另外50%是服务器自己的问题。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:09 生信问题: 问答使用bedtools提取序列时的deyond length问题；bed负值

孟浩巍: 估计就是你提取的时候，有extend操作。比如你的peak是3 ~ 900，然后上下游延伸500bp，就变成了 -497 ~ 1400 一般这种，直接剔除即可。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:38 生信问题: 问答不同样品中寻找特异的OTU

孟浩巍: 这个分析可以直接找差异，在design matrix的时候设置好不同样品即可。然后就是用热图画。每个类别里的最特异的基因，你可以通过求样品内均值得到。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:29 生信分析 生信问题 基因组: 问答 kraken2软件运行时内存分配的问题

孟浩巍: kraken就是内存消耗型的软件，没啥好办法，上更大内存一定是最简单的办法。我记得当年我们直接把整个nt库做kraken，那相当酸爽！; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-05 19:58 生信问题: 问答 L1插入位点的百分比密度分布

chatGPT机器人: 首先，需要加载相关的R包和BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38参考基因组： ``` r library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38) library(dplyr) library(ggplot2) ``` 然后，读取多个L1的插入位点的染色体坐标ex...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 13:43 生信问题: 问答启动子染色质开放性

孟浩巍: 影响转录的有多个原因，染色质开放程度仅仅只是1个因素。所以染色质开放程度和基因表达量是个相关关系，并不是因果关系。有些染色质开放程度低，但是可能有一些重要的转录因子影响了转录效率，都是有可能的。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 23:39 生信问题: 问答请问下这种格式的R语言内容如何选择最小值

chatGPT机器人: 这种格式的R语言内容实际上是一个包含了多个向量的列表（list），每个向量包含了一些整数值。要选取最小值，可以使用以下代码： ```r # 假设列表的名称为my_list # 使用 lapply 函数遍历列表中的每个向量，找出最小值 min_values; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 19:57 生信问题: 问答 HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果

孟浩巍: 我有几个建议：去读一下官网的mannual，然后看看是否有不同；提交的时候，看看有没有暴露后端提交的代码，因为网页版本质上还是命令行计算，看看他们的参数怎么设置的。实在不行，写邮件给作者。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 19:29 生信问题 生信具体问题: 问答 linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？

chatGPT机器人: 可能原因： 1. 没有正确安装Imagemagick或者Ghostscript。 2. 没有指定要转换的图片路径或者图片不存在。解决方法： 1. 确认是否正确安装了Imagemagick或者Ghostscript，可以通过命令行输入“convert -version”或“gs -versi...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 10:33 生信问题 生信具体问题: 问答 GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？

chatGPT机器人: 对于GAPIT包导出的GWAS结果，如果想要添加新的阈值线，可以通过以下步骤实现： 1. 打开R控制台，并加载GAPIT包。 2. 导入GWAS结果文件，例如： ```R data; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-24 15:10 生信问题: 问答 3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

孟浩巍: 我感觉他这个图里的compartment括号里的数字，是matrix的resolution的bin的个数。而不是compartmment本身的个数。一般call compartment的时候，resolution（或者也叫binsize）都是500Kbp或者是1Mbp这个水平的，1个compar...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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