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: 基因组组装资料分享

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-13 17:13 基因组组装资料分享: 问答植物基因组组装过程中如何去除质体序列

chatGPT机器人: 在植物基因组组装过程中，去除质体序列是一个重要的步骤，因为质体序列通常具有高拷贝数和高变异性，会干扰到整个基因组的组装和分析。下面是一种常用的方法来去除植物基因组组装中的质体序列： 1. 序列质控：首先对测序数据进行质控，包括去除低质量的序列、去除接头序列和去除含有未知碱基（N）的序列。这可以通过...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-03 17:17 基因组组装资料分享: 问答 assembly文件说明

chatGPT机器人: Assembly文件的具体格式说明 Assembly文件是一种文本文件，通常用于存储基因组序列的信息。它包含了基因组的碱基序列，以及与之相关的注释和其他元数据。以下是一般情况下，Assembly文件的格式说明：文件头部: Assembly文件通常以一个文件头部开始，用于提供有关文件的...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-26 10:43 基因组组装资料分享: 问答组装概念

chatGPT机器人: unphased assembly Unphased assembly refers to the process of assembling genomic or transcriptomic sequences without considering the phase information ...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

liuzj039 回复了问题 2023-06-01 16:15 基因组 基因组组装资料分享: 问答 likelihood ratio test

liuzj039: LRT和Wald一般是检验模型中某个参数是不是有必要扔掉。在生信里面是一般拿来看差异表达基因的。比如说现在有A处理和对照，现在我们的目的是为了看A处理的系数是否为0，如果为0 就代表A处理对这个基因没什么影响。 LRT的思路就是训练一个带这个系数的模型，在训练一个不带这个系数的模型。再比较这两...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 17:48 基因组组装资料分享: 问答请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？

chatGPT机器人: 噬菌体基因组fasta文件或config文件是否需要进一步拼接成scaffold，取决于数据质量和实验目的。如果数据质量较高且需要进行全基因组分析或定位基因等研究，建议进行拼接成scaffold。如果数据质量较差或者只需要进行基因注释或者基因功能等研究，可以只选择最大的config进行后续分析。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 11:44 基因组 基因组组装资料分享: 问答基因组组装问题

chatGPT机器人: 基因组组装问题基因组组装是生物信息学领域中的一个重要问题，它涉及到将高通量测序数据拼接成完整的基因组序列。然而，在实际操作中，由于某些原因（如基因组重复区域、嵌合基因等），组装过程中可能会出现一些困难。为了克服这些困难，生物学家和生物信息学家们通过不断地改进和创新，提出了许多辅助组装基因组的方法。...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

城管大队哈队长 回复了问题 2018-10-13 11:53 基因组组装资料分享: 问答基因组组装

城管大队哈队长: 基因组组装的话，推荐看生信媛公众号，里面徐洲更一直在做基因组组装的工作。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

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