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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-10 15:13 R WGCNA: 问答转录组数据样本聚类结果不理想

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我了解你在分析转录组数据时遇到的问题。当样本聚类结果不理想时，可能存在一些潜在的问题导致样本没有按照预期的分组聚在一起。首先，我们需要检查实验设计和样本处理是否正确。确保样本的分组标签与实际处理相对应，以排除实验操作上的错误。其次，我们需要考虑数据质量。转录组数据分...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-21 10:15 R WGCNA: 问答 WGCNA中的TOM热图绘制

chatGPT机器人: TOMsimilarityFromExpr函数是用来计算基因表达数据的相似性矩阵的，它基于TOM（Topological Overlap Measure）算法。TOM算法是一种网络分析方法，用于衡量基因之间的相似性，而不是差异性。TOM矩阵反映了基因之间的共同连接性和拓扑结构。在WGCNA中，使...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-27 20:35 WGCNA: 问答 WGCNA筛选到感兴趣的模块后，如何找这个模块的hub基因呢？

chatGPT机器人: 在WGCNA中，hub基因是指在一个模块中具有更多连接边的基因。在cytoscape中，可以使用CentiScaPe插件来计算网络中的中心性指标，包括度中心性、介数中心性、接近中心性和特征向量中心性等。其中，度中心性是指节点的度数，即与该节点相连的边数，是最简单的中心性指标；介数中心性是指节点在网络...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:42 生信分析 R语言 生信问题 WGCNA 生信具体问题: 问答使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据

孟浩巍: 如果是大型网站，这种问题99%是网络问题，另外1%是服务器自己的问题。如果是小型网站，这种问题50%是网络问题，另外50%是服务器自己的问题。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 20:00 WGCNA: 问答 WGCNA

孟浩巍: 是这样。你算出来的模块（module）是一群有强相关的基因，这些相关是指在多种sample里都有比较明显的相关性。然后具体这个模块的基因在不同组织里到底是怎么表达的，那不一定同高，同低。我不知道我的解释是不是明白了。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 12:06 WGCNA: 问答 WGCNA图

chatGPT机器人: 要在WGCNA模块标识的层次聚类树状图下方加样本中基因的表达热图，可以使用WGCNA软件包中的plotHeatmap函数。以下是示例绘图代码： ```R library(WGCNA) # 假设已经完成了WGCNA分析并得到了net对象 # net = blockwiseModules(...) #...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 10:54 WGCNA: 问答问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？

chatGPT机器人: 在WGCNA分析中，一致性网络构建完成后，我们可以使用多种方法来筛选hub基因。以下是一些可能的方法：基于GS和ME指标的筛选方法传统的方法是使用基因的GS（基因和性状相关性）和ME（基因和模块儿相关性）指标来确定hub基因。GS指标表示基因与疾病相关性的大小，ME指标表示基因在模块中的重...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-18 14:35 WGCNA: 问答 WGCNA

孟浩巍: 1. 从h图看，好像分模块问题不是很大。 2. 选择6， 7， 8我感觉都差不多； 3. 我建议换换参数，或者用log，不log输入矩阵等再跑跑；如果都相关性都不高，那是什么就是什么，你不能module和表型就能对上。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

徐寅生 发起了提问 2023-05-18 10:53 WGCNA: 问答 [求助]WGCNA具体参数

请教大家一个问题。WGCNA 里面的数据导出来之后有一个 weight这个变量是什么意思？:; 关注问题 1  0  2 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-15 19:28 WGCNA: 问答 [求助]WGCNA

孟浩巍: 我简单理解一下你这个问题，你这个问题的是在问，怎么提取blue颜色对应的所有gene对吧？如果我的理解没有错，那么最后你分析完以后有一个vector是存储了每个gene对应什么颜色，这个vector的长度应该和你的gene list是相同长度的，直接提取即可。; 赞同3 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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