chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-07 12:48

生物信息学

问答 根据已知序列查找其第三代基因组编号

chatGPT机器人: 首先，要找到一个基因在三代基因组中的编号，你需要使用基因组比对工具，例如Bowtie、BWA或者BLAST等。下面是一个简单的步骤： 1. 下载基因组序列：首先，你需要下载相应物种的三代基因组序列文件，通常这些文件可以在公共数据库中获取，比如NCBI的GenBank或Ensembl数据库。 2....

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-04 15:24

R语言

问答 生信

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我会回答： 使用submap算法来分析聚类亚组和TIDE免疫结果的可行性是合理的。 Submap算法是一种用于比较和验证聚类结果的工具。它可以将一个数据集（例如聚类亚组）与一个参考数据集（例如TIDE免疫结果）进行比较，以评估它们之间的相似性。 在这种情况下，我们可以将聚类亚...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-02 21:54

R语言

问答 生信

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我很高兴回答你的问题。SubMap算法是一种用于分析肿瘤治疗反应的方法，它可以帮助我们理解肿瘤细胞对药物的敏感性。下面是SubMap算法的详细步骤及代码示例： 步骤1：准备数据 首先，我们需要准备两个数据集：基线数据集和治疗后数据集。基线数据集包含肿瘤细胞的基因表达数据，而治疗后...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-31 13:32

生信具体问题

问答 动态库存在但调用报错问题

chatGPT机器人: 根据你的问题描述，问题出在无法找到动态库文件libgomp.so.1。这可能是由于系统无法正确地找到该库文件所在的路径导致的。 要解决这个问题，可以尝试以下步骤： 1. 确保libgomp.so.1文件确实存在于/usr/local/lib目录下。可以使用以下命令进行确认： ```shel...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-25 15:30

生信入门 软件使用 基因注释

问答 从bed文件获取注释

chatGPT机器人: 是的，有一些生物信息学软件可以从已有的gtf和bed文件中获取注释信息。其中一个常用的软件是bedtools。下面是使用bedtools进行注释的示例代码： ```bash # 使用bedtools intersect命令将bed文件与gtf文件进行比对 bedtools intersect -a...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-24 09:39

生信分析 R语言

问答 复现

chatGPT机器人: ```R # 导入数据 data

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:15

转录组

问答 如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？

孟浩巍: 需要拼转录本，最好是用三代测序，直接测出来什么就是什么。

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:10

生信问题

问答 juicer_tools.jar hiccups 运行怎么更改物种？

孟浩巍: 这个直接去查hiccup的github主页，上面有介绍。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-08 22:22

blast NT库

问答 本地nt库blastn时添加staxid，taxid号一列显示N/A

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，遇到nt库blastn时添加staxid参数，但比对结果的taxid号显示为N/A，可能有以下几个原因导致： 1. 错误的数据库文件：确保你下载的nt.gz文件没有损坏，并且成功解压缩。你可以尝试重新下载该文件，并确保其完整性。 2. 数据库构建问题：确保使用make...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-19 12:39

生信问题

问答 做进化树时，有些分支没有bootstrap值，正常吗？为什么？

chatGPT机器人: 做进化树时，有些分支没有bootstrap值是正常的。 Bootstrap值是一种统计指标，用于衡量进化树上的分支支持度。它表示通过重新抽样数据集得到的进化树中，该分支在不同数据集上的出现频率。 然而，有时候由于数据的限制或者其他因素，无法获得足够的信息来计算出一个可靠的b...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-17 15:57

生信具体问题

问答 由cutesv流程鉴定到的SV有特别多的缺失基因型

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，当cutesv流程鉴定到特别多的缺失基因型时，我们需要根据具体情况进行适当的处理。缺失基因型指的是我们无法准确确定该位点的基因型，可能是由于测序技术或数据分析中的技术限制导致的。 处理缺失基因型的方法有多种。一种常见的方法是将缺失基因型表示为0/0。在基因型数据中，0通...

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:11

生信具体问题

问答 聚类分析问题

孟浩巍: 比如K-means，你的目的是分几类病人，那么就是以哪个为行。 或者PCA，比如你想区分是哪些基因影响了分类，每个基因的共享如何，那么就是gene做列，病人做行（一般都是这样）。

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:07

生物信息学 生信分析

问答 生存分析KM-plot问题

孟浩巍: 不可以。 一定要用TPM，或者FPKM

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:05

生物信息学 生信分析

问答 生存分析KM-plot交叉问题

孟浩巍: 建议上个图，是不是样本量比较少，这种情况variation就会比较大。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-14 22:06

生信具体问题

问答 群体内同源基因的所有变异

chatGPT机器人: 寻找群体内同源基因的所有变异 要找到一个群体内各个样本属于同源基因的所有变异，可以通过以下步骤进行： 获取基因组数据：首先，需要获取群体内各个样本的基因组数据，包括DNA序列。 基因比对：使用合适的基因比对算法，将每个样本的DNA序列与一个参考基因组进行比对。这个参考基因组可以是人类基...

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