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进行药物预测时oncoPredict和pRRopetic使用时输入的肿瘤表达矩阵文件应该是counts，TPM还是logTPM数据类型？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-09-07 16:08

根据我的了解，对于药物预测问题，oncoPredict和pRRophetic两个工具使用的肿瘤表达矩阵文件应该是logTPM（Transcripts Per Million）数据类型。 logTPM是一种常用的基因表达量归一化方法，它可以解决不同样本之间的数量差异和基因长度差异对表达量计算的影响。相比于counts（基因计数）和TPM（每百万转录本数），logTPM可以在数据处理过程中消除噪声，提供更准确和可靠的表达量信息。通过使用logTPM数据类型，药物预测工具可以更好地处理和分析基因表达数据，从而准确预测药物对肿瘤的响应和效果。请注意，这只是一般情况下的建议，具体使用哪种数据类型还要根据工具的要求和实际研究的需要来确定。

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发布时间: 2023-09-07 16:05

更新时间: 2023-09-07 16:08

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