【求助】如何确定一种基因ID的类型 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

3901: 浏览

【求助】如何确定一种基因ID的类型

例如：有三种不同类型的基因ID用于描述玉米的某些基因，如何用R知道，这是属于什么类型的（symbol、ensemble...） 1. Zm00001d035139 Zm00001d025707 Zm00001d046812 Zm00001d031303 2. NR_028022.2 NR_036655.1 NM_001149456.1 XM_008650099.1 3. GRMZM2G010044 GRMZM2G175593 GRMZM2G468111 GRMZM2G152179 GRMZM2G006352 GRMZM2G133988

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

灵动的小猪初级会员用户来自于: 河南省
2018-08-24 00:32

对于NR,NM,XM一类的，根据前面的编号看是什么类型的ID。而你的这个玉米的基因，Zm0000开头的是第四版的ID，GRMZM开头的是第三版的ID，可以在maizegdb网站首页下载他们的对应关系，同时也可以使用ensembl的biomart来进行版本的转换。

赞同 3 0评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-23 22:40

更新时间: 2018-08-24 00:32

关注人数: 4 人关注

相关问题

x <- x[keep.exprs,, keep.lib.sizes=FALSE] 请问一下这条命令该如何解读呢？: 1518 浏览 1 关注 0 回答 2 评论

如何一个数据表中第一列都统一删除三个字母保留数字再输出为一个新表: 2847 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？: 2033 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

mac如何打开Google的网页？: 3061 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

如何筛选小鼠lncRNA?: 2296 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

用户如何涨积分？: 2073 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？: 2670 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

EVEs和HGTs之间关系如何: 2343 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？: 3499 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

bowtie2使用报错，求助啦: 3079 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

推荐内容

问选择信号检测XP-CLR: 4103 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问【求助】差异表达和特异表达: 2941 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问从bed文件获取注释: 3709 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

问请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了: 3251 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问生物信息学需要对哪些方面的数学知识进行深入研究: 3164 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问关于hub基因的问题: 1456 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问关于gene id转换以及“org.Hs.eg.db"包（小剧场？）: 4141 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 2182 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 2520 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026